merge-update from trunk

fix jenkins

add vol to generic infereference formatting

 - changed initialization of CDM entities
 - fixed typo

 - replaced using the dao with using the service for taxa

 - fixed typo

merge-update from trunk

 - finished DerivateHierarchyDTO citation

isAncestor() using treeIndex

gitignore

missing update

better handling of abbreviated title cache in references, series -> seriesPart and some improvements in the reference cache strategies #4280, #4239  , changes in tests

better handling of abbreviated title cache in references, series -> seriesPart and some improvements in the reference cache strategies #4280, #4239

merge-update from trunk

 - restructured derivate hierarchy query
   - step 1: get associated field units for a taxon (taxon service)
   - step 2: assemble derivate hierarchy for each field unit (occurrence service)

 - added timeout and null check

Formatting for aggregates with Authors (E+M exception)

Change authorTeam types in NonViralName from INomenclaturalAuthor to TeamOrPersonBase  #1489

reverting test for #686 (orderindex of rank undefined) to ist original version and removing ignore since the bug is fixed now

throwing exception in case vocabulary is not found

minor

removing old ignore and FIXME  #530

update abbrevTitleCache in bulk update (Cont.)

update abbrevTitleCache in bulk update

remove function tests which don't compile

generics

remove deprecated name service getVocabulary methods

minor

implement getNextHigherTerm and getNextLowerTerm  #3327

move vocabulary tests to vocabulary service and fix @Ignore, remove deprecated methods from INameService

minor

minor

cleaning up CdmBase

added check for non-null operation in constructors

moved ehcache-core version to parent pom

making sure operation is always initialised

updated doc

moved ehcache-core version to root pom

merge-update from trunk

 - added type information to DTO
 - enhanced media labeling

  - enhanced DerivateHierarchyDTO data

merge-update from trunk

 - extended dto assembly

 - cleaned code

reverting erroneously committed experimental branch (swagger)

ignoring joda time partial from json serialization for swagger model scanner

adding swagger-ui

working configuration of java based spring mvc config for swagger

implementing CdmTypeScanner and test

adding dependencies for swagger

ignoring ide or maven project files

ignoring ide or maven project files

renaming SpringMVCConfig

javadoc

 - added line limit for web service response

 - fixed BioCaseServiceWrapperTest
 - fixed info log

remove series from FullCoverageDataGenerator

replace LockMode by LockOptions in service layer and persistence

replace deprecated .lock method in CdmEntityDaoBase

merge-update from trunk

minor

 - fixed possible NPEs

return value of delete methods are DeleteResults

reenabling vaadin + more specific component scan for mvc

comment explaining the need to extend WebMvcConfigurationSupport

first fully functional pure java based spring mvc configuration, vaadin has been excluded so far, welcome file configuration is working now in web.xml

switching to java based spring mvc configuration (work in progress)

whitespace

turning the static index.jsp into a index.html

adapting contollers to new CdmAntPathMatcher pattern syntax

minor comments

changing the CdmAntPathMatcher to make it conform with spring mvc, where a ReqeustMapping values always has a leading slash even if it is implicit (it is added by the RequestMappingHandlerMapping if it is missing!)

implementing tests for the pathmatchers and fixing a bug in the CdmAntPathMatcher

resolving ambiguity in serveral web service controllers

switching fom spring mvc xml configuration to java configuration

merge-update from trunk

 - added more parameters to DerivateHierarchyDTO

fixing a bug in ClassificationPortalListController

resolvin a conflict and cleaning up of ClassificationPortalListController, this changes the thre return type of the list method in the controller (recovering lost commithere)

 - added methods to add to DTO arrays
 - check if CDM entity already attached to session before loading it

untracked files on mvc-java-config: 9847e2f fixing bugs, resolvin a conflict and cleaning up of ClassificationPortalListController, this changes the thre return type of the list method in the controller

 - added more parameters to DerivateHierarchyDTO

revert last change in NameCacheStrategy

minor

Adapt AnnotationMapper

minor

remove doc

fixing regression intruduced by r20623 for #4185 (Progress monitor not available on production server)

harmonizing log levels

 - added more parameters to DerivateHierarchyDTO

 - added service for retrieving all "associatied" FieldUnits for a taxon
 - added service for retrieving the "associated derivate hierarchies" for a taxon

 - changed version number

 - enhanced BioCaseQuery and test

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 - merge update from trunk

minor