protected title cache = false for test files in persistence

minor

changes to test dll in service layer

changes to test dll in persistence

bugfixes for mapping of model changes (JoinTable bug) - MediaKey

bug in last commit

bugfixes for mapping of model changes (JoinTable bug) - MultiAccessKey

bugfixes for mapping of model changes (JoinTable bug)

minor

minor

Removal of untyped expression

bugfixing for new model changes (comparable for OrderedTermBase and identifiableEntity)

minor

minor

Impact of new model changes: new classes and renaming

Created ICollectionService / CollectionServiceImpl

exposed free-text searching of Collection instances

CHANGES TO THE CDMLIB-MODEL: Media and DefinedTermBase become IdentifiableEntity, new classes to represent descriptive dataset and keys

1. Media extends IdentifiableEntity
- addition of a ComparableTo method
- deletion of the redundant attribute 'rights'

2. TermBase extends IdentifiableEntity

There was redundancy with 'implements Comparable<T>' in OrderedTermBase and 'implements Comparable<IdentifiableEntity>' in IdentifiableIdentity.

- I erased « implements Comparable<T> » dans OrderedTermBase
- I completed it with a 'ghost' method CompareTo(Object)

public int compareTo(Object o) {
return 0;
}

- I added the same 'ghost' CompareTo(Object) method to the following classes: BibtexEntryType, DerivationEventType, PreservationMethod, RightsTerm, NamedAreaType, ReferenceSystem, Feature, FeatureTree, MeasurementUnit, StatisticalMeasure, TextFormat, AnnotationType, ExtensionType, Language, MarkerType, TermVocabulary, InstitutionType

3. adding OnlyApplicableIf / InapplicableIf to FeatureNode

private Set<State> onlyApplicableIf = new HashSet<State>();
private Set<State> inapplicableIf = new HashSet<State>();

with the associated get, add, remove methods.

These attributes are not direct equivalent for onlyApplicableIf and inapplicableIf in SDD as they are attached directly to the child feature rather than the parent feature, which allow having different inapplicability rules for each child feature.

4. Creation of the WorkingSet class

public class WorkingSet<S extends DescriptionBase> extends AnnotatableEntity {
…
private Set<Representation> representations = new HashSet<Representation>();
...
private FeatureTree descriptiveSystem;
...
private Set<S> descriptions = new HashSet<S>();
…
}

5. Completion of IidentificationKey interface

public interface IIdentificationKey {
    public Set<NamedArea> getGeographicalScope();
    public void addGeographicalScope(NamedArea geographicalScope);
    public void removeGeographicalScope(NamedArea geographicalScope);
    public Set<Taxon> getTaxonomicScope();
    public void addTaxonomicScope(Taxon taxon);
    public void removeTaxonomicScope(Taxon taxon);
    public Set<Scope> getScopeRestrictions();
    public Set<Taxon> getCoveredTaxa();
    public void addCoveredTaxon(Taxon taxon);
    public void removeCoveredTaxon(Taxon taxon);
}

I removed 'representations' as MultiAccessKey and PolytomousKey inherit it from their hierarchy. I added it to MediaKey (former IdentificationKey) under the name of keyRepresentations in order not to mix with the media representations.

6. Modification of IdentificationKey in accordance (and renaming it to MediaKey with all the necessary modifications in concerned classes)
public class MediaKey extends Media implements IIdentificationKey{
…
private Set<Taxon> coveredTaxa = new HashSet<Taxon>();
…
private Set<NamedArea> geographicalScope = new HashSet<NamedArea>();
…
private Set<Taxon> taxonomicScope = new HashSet<Taxon>();
…
private Set<Scope> scopeRestrictions = new HashSet<Scope>();
…
private Set<Representation> keyRepresentations = new HashSet<Representation>();
…
}

7. Creation of the class MultiAccessKey

public class MultiAccessKey extends WorkingSet implements IIdentificationKey{
...
private Set<Taxon> coveredTaxa = new HashSet<Taxon>();
...
private Set<Taxon> taxonomicScope = new HashSet<Taxon>();
...
private Set<NamedArea> geographicalScope = new HashSet<NamedArea>();
...
private Set<Scope> scopeRestrictions = new HashSet<Scope>();
}

8. Creation of PolytomousKey

public class PolytomousKey extends FeatureTree implements IIdentificationKey{
...
private Set<Taxon> coveredTaxa = new HashSet<Taxon>();
...
private Set<Taxon> taxonomicScope = new HashSet<Taxon>();

...
private Set<NamedArea> geographicalScope = new HashSet<NamedArea>();
...
private Set<Scope> scopeRestrictions = new HashSet<Scope>();
}

9. Addition of the attribute 'result', 'question' and 'taxon' to FeatureNode so that a FeatureTree can store the identification path in the case of a polytomous key.

private DescriptionElementBase result;
private Set<Representation> questions = new HashSet<Representation>();
private Taxon taxon;

NameParser improvement, name and reference has the same author

Corrected a couple of bugs

correcting minor problem with jaxb annotation

formatted parser documentation for better readability

taxonNameBase adapted for matching

minor

deleted group matcher

minor

updates for match strategy in persistence

updates for match strategy in model

Added free-text search methods to name & occurrence services & removed redundant method from UserService

Added free-text search methods to name & occurrence DAO's

Added annotations to support free-text searching of occurrences & related entities

added a working source feature, so sources can be omitted from binary releases

deleting non working attempts on a source feature

added a working source feature, so sources can be omitted from binary releases

Initial import.

JAXB import update

Matching for names improved

ignore match test for taxon name

minor

minor

Matching in persistence

more Matching and bugfix in IdentifiableEntity.clone()

change in signature of CDMUtils.getAllFields

Fixed CdmImporterTest.testImport

matching in commonservice

matching in persistence

plugin 2.1.0.v20090807-1911. now includes sources for all libraries

getAllFields in CdmUtils

Match test

StrictReferenceBase matchable

match for CdmBase

Match framework

equals for TimePeriod

nullSafeEqual in cdmlib-commons

implemented a method that returns a map containing uuid and titleCache of all accepted taxa

NameTypeDesignationStatusMethod for BerlinModelImport in cdmlib-io

minor

tests adapted to taxonomic view and validation for ImportConfigurators changed (no test for destination == null anymore)

merge for cdmlib-services

Merge for cdmlib-persistence and bugfix in TaxonDaoHibernateImplTest

Merging for cdmlib-model

ReferenceSystem in persistence

Vocabulary enum update

ReferenceSystem terms and merge framework

minor

bugfix for media.clone

Credit.clone()

Rights.clone

Media.clone and MediaTest

minor

minor

minor

minor

refactoring of ICdmGenericDao.getReferencingCdmBases()

refactoring of ICdmGenericDao.getReferencingCdmBases()

minor

reimplemented GenericDao.getAllClasses

minor

NameTypeDesignationStatus for diptera

minor

title for descriptions in BerlinModel import

bugfix for references with id = 0

minor

minor

editor for diptera

minor

fixed treeUuids for IOs in app-import

fixed treeUuid for IOs

BerlinModel ReferenceExport improvements

new CDM destinations

no secUuid in TaxonX

palmae url

minor

findNameByNameCache

count trees for import state

minor

minor

minor