contoller methods with return type List should always return a list, even if it is empty

removing the deprecated method TaxonPortalController.doGetNameTypeDesignations() for  #2280 (Stop using portal/taxon//bin/zsh/nameTypeDesignations)

 - added removeSingleRead() method to Amplification

fixing  #4151 (AdvancedBeanInitializer causes problems when initializing taxonnode hierarchies)

 - added timeout parameter to isServiceAvailable() method

avoiding recurive calls, replaced by while loop

avoiding NPE

bug fix: list and page REST services must return List or page objects, not ModelAndView

checklist webservice optimized

*integrated a ModelAndView for file downloads
*integerated a ProgressMonitor for csv export
*export is threaded
*extended ProgressMonitor with origin property

adating test to modified number of taxa

refactoring taxon controllers and thus solving #2595 (portal/taxon/{uuid}/accepted/{uuid} producing too big data objects)

#4114 sort order in taxon navigator and adding that autonyms could be whether infraspecific or infrageneric (Art. 22.3 and 26.3)

fixing #4112 (portal/taxon/{uuid}/accepted/{uuid} takes exceedingly much time in specific cases) and #2595 (portal/taxon/{uuid}/accepted/{uuid} producing too big data objects) this also solves the according issue mentioned in  #3336 (Improve overall dataportal page loading performance)

implementing dao method listAcceptedTaxaFor, for #4112

added containsValue method to retrieve value object for maps

remove link to the apt file for the documentation. ie, there is no external documentation yet

add occurrence controler for the occurrence web-service

add new method for getting specimen and observation

add new webservice for exporting occurrences for a specific taxon uuid
definition in xml files (web-inf)

add new webservice for exporting occurrences for a specific taxon uuid

fixing #4148 (problems with simple search)

updating site doc by adding maven memory requirements and mentioning the requirement for maven 3

cdmlib part of fix #4121 (Changing password does not work)

additional method required to avoid problems which where due to a fix for ticket #3822 (see related commit for taxeditor)

fix compareTo for IdentifiableEntity

 - renamed method

 - added reference to trac ticket

 - made default constructor protected due to a hibernate problem (see https://stackoverflow.com/questions/7273125/hibernate-envers-and-javassist-enhancement-failed-exception)

 - fixed a bug in the automated setting of the string length

 - added javadoc

 - added test for baseUnit() method

 - added IPrimerService and IPrimerDao with the corresponding implementations
 - interface supports the retrieval of UuidAndTitleCache lists for all primers in the DB

Removed Java 1.7 specific function due to backwards compatability

fix missing idInVocabulary for countries; implement country mapping for EditGeoService (#3452, #3651)

fix missing idInVocabulary for countries; implement country mapping for EditGeoService (#3452, #3651)

minor

add NomStatus vocabulary for ICZN #4085

latest changes to Specimen Excel Import

Added IsoParaType to SpecimenTypeDesignationStatus

Added IsoParaType to SpecimenTypeDesignationStatus

fix compilation bug in MarkupTransformer

improve findBestMatchingArea

some language uuids

handle sous-genre

Handle structured common names

remove imports

minor

adding missing @Override

enhancing feature for checklist WS:

*added caching for CSV download
--> a export will be triggered only once and after 24h to renew the cached file
*added pagination for json/XML

adapting tests for  #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

removing excludes from map according to #4111 (behaviour of TaxonEditor for users with limited grants [DISCUSS]) comment 8

adapting default permission goups according to #4111 (behaviour of TaxonEditor for users with limited grants [DISCUSS]) comment 8

added remote collection methods to service layer to be able to make remote calls on server side persisted collections

removing homptypicalGroups from excludes

implementing test and fixing bugs 2 regarding #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

implementing test and fixing bugs regarding #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

changed isTopmostNode to check for null parent node taxon

implementing exclude map for  #4081 (TaxonNodeServiceImpl.makeTaxonNodeASynonymOfAnotherTaxonNode() requires TAXONNAMEBASE.[UPDATE])

redlist WS export added .json and .xml functionality

improve common name import for markup

getLangaugeByKey for markup transformer

 - fixed typo

rearrange constants

handle missing name parts for null parent

improve mods import

minor

minor

Add database index on treeIndex #4105

minor

improve TaxonCacheStrategy. Use short form where possible

fix CacheUpdater

making TaxonNodeByNameComparator truely null save - #2912 (NPE in TaxonNodeByNameComparator when Taxon in TaxoNode is null)

minor

Cleaning up a bit

solving some reference cache strategy issues, e.g. #3645

adding isBlank to StrategyBase

minor

Better handling for short citation of references

minor

minor and generics

fixing broken dependencies by excluding spring-expression

 - added cascading save to SequenceString of a Sequence

 - renamed getBaseUnit() to baseUnit()

setting correct port number for remote integration tests

 - added util method to get for getting a CDM entity (used in authenication/permission framework)
 - made use of this method where the type of the parameter was too general (like object)
 - made getBaseUnit() of DerivedUnitFacade public

minor

minor

 - refactored to use "base" unit wherever possible (base unit is derivedUnit or fieldUnit)

changing ports in config to avoid conflics

automatically testing of  cdmlib-remote-webapp during the maven lifecycle - #4094: automatically test cdmlib-remote-webapp

 - added cascading save for contig file of Sequence

handle setType in DerivedUnitFacade better

 - added cascading save to pherogram (Media) of SingleRead
 - added media section to DetailsViews for Amplification (gel photo) and SingelRead (pherogram)

some minor changing for handling getType()

implementing #4082 (implement default permission groups)

fixing problem with deleting groups see #4054 (Taxeditor, Group Bulkeditor cannot delete Group)

Spring Security configuration added for remote and web app

Spring Security configuration added for remote and web app

fix problem with changeSynonymToAcceptedTaxon of a synonym being part of an homotypical group

improve author parsing