shorter timeout for metadata service

mini fix

allowing to write

FeatureTreeService now returns a default FeatureTree when no tree is in database. Testing it with portal now.

Added constraints to Taxon.synonymRelations, Synonym.synonymRelations, and SynonymRelationship.relatedFrom & SynonymRelationship.relatedTo to mark orphaned synonyms as invalid. [https://dev.e-taxonomy.eu/trac/ticket/1347]

Also, added constraint such that two accepted names or an accepted name and a synonym with the same sec reference and the same name are invalid.

Added constraints to Taxon.synonymRelations, Synonym.synonymRelations, and SynonymRelationship.relatedFrom & SynonymRelationship.relatedTo to mark orphaned synonyms as invalid. [https://dev.e-taxonomy.eu/trac/ticket/1347]

Also, added constraint such that two accepted names or an accepted name and a synonym with the same sec reference and the same name are invalid.

Trace

Trace v2

Trace

test commit

in xml file taxonnode is referenced by id
#1277 jaxb import

#1277 jaxb import, set id to @XmlTransient

#1277 jaxb import

Added isDatabaseSchemaCompatible().

Added isDatabaseSchemaCompatible().

Corrected bug in AuditEventDao

management service (/manager/datasources/*) ( and management page (/index.jsp)

improving datasource management

new test for the delete method of TaxonNameDao

implement the delete method, to delete the refering taxonbases #1390

Added protected setter methods to Synonym.synonymRelations and Taxon.relationsToThisTaxon to allow bean initialization

#1279

#1279

minor change

fixed bug in listDescriptions

Updated cascade sematics for determinations

#1390

#1390

#1390

Preparatory work for ticket #1347.

Preparatory work for ticket #1347.

Preparatory work for ticket #1347.

fixes #1365 and #1366

Allowed replace(T x, T y) to accept null for the second argument and globally replace x with null or remove x from collections

Altered ReferringObjectMetadataFactoryImpl to exclude bidirectional relationships where the replaced entity is the "owner" of the related entity (i.e. the relationship is mapped by @OneToMany & mappedBy != null) since those kind of relationships don't make sense in the context of a global replace method.

Implemented a new method to return taxon relationships that are between two taxa.

fixes #1357

Updated ICdmEntityDao replace(T x, T y) and refresh(T t, LockMode lockMode, List<String> propertyPaths) and added methods to IAnnotationDao

Updated ICdmEntityDao replace(T x, T y) and refresh(T t, LockMode lockMode, List<String> propertyPaths) and added methods to IAnnotationDao

On behalf of Niels: Check for multiple parents changed in addParentChild()

fixes #1343

fixes #1022

fixes an issue with bulk adding of taxon nodes to a taxonomic tree

ReferringObjectMetadata now queries higher up the hierarchy of classes to obtain a reference to a property

Added public T replace(T x, T y) to ICdmEntityDao, implementation and tests

Added public T replace(T x, T y) to ICdmEntityDao, implementation and tests

Added CascadeType.MERGE, CascadeType.DELETE, CascadeType.DELETE_ORPHAN

Added an IIdentificationKeyDao to query across all identification key types

Added an IIdentificationKeyDao to query across all identification key types

Added an IIdentificationKeyDao to query across all identification key types

Added merge(T t, LockMode lockmode) and refresh(T t, LockMode lockmode) to allow developers to bypass the session & second-level cache (useful in some instances)

Added merge(T t, LockMode lockmode) and refresh(T t, LockMode lockmode) to allow developers to bypass the session & second-level cache (useful in some instances)

Added CascadeType.MERGE to some relationships

link Taraxacum to Cichorieae fixed

minor bugfix

minor changes to palmaeActivator and postImportUpdater

Palmae citations import -> implementation

Bugfixes and improvements for the tcs rdf import (palmae citations)

Removed unnecessary print statement

Refactored service layer to reflect changes in search methods lower down, and moved @Transactional annotations to concrete classes

Refactored free text search to re-use the same code for all identifiable entities. Switched to StandardAnalyzer to include indexing of numbers. Removed redundant code from taxonDao.delete() method (as included entities deleted using hibernate's cascade method)

TermBase and descendants indexed using hibernate search

MetaDataFactory returned null for non JPEG, non TIFF images, returning ImageMetaData instead

bug in arecaceae.rdf  (tn:hasName instead of tc:hasName)

bug in arecaceae.rdf  (tn:TaxonName instead of tn:hasName)

removed the features moved to NameFeature (#1042)

new vocabulary NameFeature #1042

removed some System.err.println()...

 fix of ticket #1344

changes to display images on genus pages

solved an issue that was connected to #1296 and fixes #1337

setting ContentType

New line added in the console when the script is executed

minor

fixes #1296

fixed a bug that occurred when executing operations on taxon nodes on root level

fixed a bug that occurred when executing operations on taxon nodes on root level

renamed the makeSynonymAcceptedTaxon method to swapSynonymAndAcceptedTaxon because that is what the method does

merge from v2.2

nothing changed

minor

minor