JAXB annotations for amplification results

latest changes for AmplificationResult

add labelCache to Amplification #4542

some bugfixes to new Amplification modelling #4541

some adaptations after trunk merge to 3.4.1

merge-update from trunk

dna Quality purification method

label for PAT voc

separate Amplification and AmplificationResult.java #4541

bug fix

CdmUpdater can run on multiple databases supplied as comma separated list

 - added service method to get descriptions which have a specimen set as describedSpecimen
 - added test which fails because the XML is loaded incorrectly

 - re-added hibernate annotation

 -removed hibernate search annotation (copy&paste error)

minor

use saveOrUpdate in JaxbImport

 - invoke super method in isDeletable()

 - changed service method to retrieve the directly related objects
 - adapted tests

 - fixed bidriectionality for DnaSample<->Amplification

fixing test for SingleReadAlignment and removal of SpecAndObs_Sequence

implement SingleReadAlignment.java  #4529
not yet ready

minor changes

remove Specimen_Sequence table from ddl

add nextUpdater to 331_34 updater

 - commented unused field from SpecimenDeleteConfigurator
 - added TODOs for deletion checking for specimens
 - added emtpy isDeletable() method

 - commented unused fields of DeleteResult

isDeletable returns DeleteResult

 - implemented bidirectionality for derivation events

some fixes after trunk integration to 341branch

merge-update from trunk

add first version of BigDecimal (still unclear if we want to keep the UserType) #4499

minor

merge PresenceTerm and AbsenceTerm  #4521

 - added isDeleteFromIndividualsAssociation and isDeleteFromTypeDesignation to SpecimenDeleteConfigurator
 - implemented deletion for above mentioned flags
 - added more information to delete result when deleting specimens
 - added tests for above mentioned flags
 - extended step by step deletion test

 - extended toString() method

remove TODO

 - added loadStrategy=CleanSweepInsertLoadStrategy.class to tests to fix test failure

 - added DISTINCT to HQL query for associated taxa
 - created and used XML data source in occurrence service test

 - added xml resources for tests

 - fixed bidirectional mapping

 - added occurrence service methods to retrieve all taxa that are associated with a specimen:
  - via IndividualsAssociation
  - via TypeDesignation
 - added test

removing old obsolte code

remove FIMXE on protected constructor

minor

 - added TODO comment

creationi fo PresenceAbsence Terms

make all defined terms comparable

 - removed BlankDataSet form test

 - removed unused code

 - implemented service method (and test for it) to get all taxa associated with a single specimen

 - added listAssociatedTaxa() method to occurrence service (non functional)

removed unwanted service field

Fix (more of a hack) for conversation holder problem, subclassing the current servlet and setting the conversation so that it is bound every time a service call is made.

setting java source compliance to version 1.7

 - converted dnaQuality from DefinedTerm to OrderedTerm (#4434)

whitespace

ignoring VAADIN compilation artefacts

adding documentation URL to commentn

adding missing log4j.properties to artifact (fixes excessive loggin on DEBUG level)

Add institution to DerivationEvent and Amplification

add DnaMarker to Primer #4470

fix bug, add OrederedTerm to hibernate cfg

add DNA Quality Type vocabulary

added test for saveOrUpdate within conversation sessions

Branch for model 3.4.1

Add DnaQuality.csv (not fully ready)

fixing component scan in jars

 - when moving derivate also set "derivedFrom" to the new DerivationEvent

ICdmCacher, DefaultTermInitializer : added comments
CdmCacher : added code to disallow null values in cache and moved term initialisation code to specific subclass
CdmDaoCacher : replaced with specialised CdmTermCacher
defaultApplicationContext : removed remoting exception

cleanup javadoc

update JaxbImportActivator

made changes to be compliant with TaxonomicEditor Export

reverting eclipse launcher

minor

improve cache update algorithm

 - fixed possible NPE

 - fixed typo with semantic meaning

 - used blank data set for test

 - used ImageFile instead of more generic MediaRepresentationPart when creating the Media (fixes #4402)
 - fixed a typo

 - added delete configurator to occurence service

 - fixed typo

changes in service layer for fixes in bulg editor and search for misapplied names and common names in editor

minor

 - provide contig and read information in portal and webservice

 - extende DerivateHierarchyDTO to also show contig and primer info

 - removed comma in specimen citation

 - added exception throwing to URI assembly in Sequence class
 - handled exception in editor details view

 - adapted derivate hierarchy assembly to cdmlib3.4 changes (TissueSample, DnaSample as one class)

 - extended init test

 - made constructor protected to avoid JavaAssistEnhancementException

fix #4450

Changes for production mode for vaadin

changed startup parameter for vaadin. Only for testing.

latest changes for Vaadin Editor
* added in Web.XML production mode

 - added service method deleteDerivateHierarchy()

remove NOT NULL on OriginalSourceType_AUD.sourceType on existing data   #4445