fix #7467 taxon name parts lookup method with support for wildcard searches, TaxonNameParts and filter

updating deprecation information on methods using int for hibernare result count which is now long

startH2Server documentation

fixing problems with startH2Server documentation

fixing problems with startH2Server and providing feedback to developers on start up

ref #3560 fix wrong method call in BaseController

ref #3560 remove unpublished synonyms from taxon.synonymy (handle homotypic syns correctly)

cleanup

ref #3560 handle access denied for unpublished data in BaseController.doGet

ref #3560 remove unpublished synonyms from taxon.synonymy (fix)

ref #3560 handle access denied for unpublished data in some TaxonController methods

cleanup

ref #3560 remove unpublished synonyms from taxon.synonymy

ref #3560, ref #5477 fix missing lucene index update for synonyms and misapplied names

ref #3560 further improve full text taxonAndName search for publish flag, including tests

cleanup

potentially fix uuid query factory method

cleanup

ref #5974 fully remove multi value field logic from AcceptedTaxonBridge

adapt test

add test for misappliedname problem with type desinations

ref #3560 try to add publish to synonym search in findTaxaAndNamesByFullText (probably not working yet)

cleanup

ref #5974 fully remove multi value field logic from AcceptedTaxonBridge

cleanup

smaller changes in taxon list import

fix in getUuidAndTitleCache

cleanup

minor

fix #7469 fix column type changer for Postgres

fix #7468  fix update script for mediaCreated in PostGreSQL

Increase platform-site-skin version

remove confusing code

ref #3560 further publish flag issues for lucene search and first tests on lucene search

cleanup

ref #3560 fix pathFrom in classification service impl

ref #7466 adding marker type NOMENCLATURAL_RELEVANT

make moveTaxonnodes a longrunning task

cleanup

ref #3560 add publish flag to lucene search

cleanup

cleanup

ref #3560 add publish flag to lucene index

cleanup

ref #3560 implement loadTreeBranchToTaxon (pathTo) for unpublished

cleanup

removing useless component scan for eu/etaxonomy/cdm/search

ref #3560 set includeUnpublished as default for FindTaxaAndNames configurator

ref #3560 implement publish in taxon service by name search

ref #3560 implement publish in taxon service by name search

cleanup

ref #3560 tests for unpublished listRankSpecificRootNodes

ref #3560 implement unpublished in BaseController.doGet

cleanup

ref #3560 implement unpublished for listSiblings in service and remote (no tests yet)

ref #3560 implement unpublished for rankSpecificRootNode in service and remote (no tests yet)

cleanup

ref #3560 implement unpublished for taxon collection retrieval in occurrence service

ref #3560 unpublished for doGetTaxonNodes and doGetTaggedName and doGetSubtreeMedia

ref #3560 implement unpublished for load and find in service layer

ref #3560 use global "unpublished" constant

cleanup

ref #7447 DescriptionElementBase.clone for inDescription

cleanup

ref #7446 add extension already exists check to IdentifiableEntity

fix #7445 make empty term uris null

ref #7340 make DeterminationModifier and Sex default vocabularies unordered

cleanup

cleanup

ref #3560 implement publish filter for ClassificationDao.listChildrenOf and .countChildrenOf

cleanup

ref #3560 implement publish filter for TaxonNodeDao.listChildrenOf and .countChildrenOf

cleanup

minor

ref #6945 use E+M vocabulary for marker types

ref #7334 fix missing table attributes in CDM light export for pro parte synonyms and misapplied names

ref 3984: add persistence method to get uuidAndTitleCaches for a list of uuids

ref 3984: add service method to get uuidAndTitleCaches for a list of uuids

minor

minor

adapt longrunningTasks service for all subtree operations

ref #7434: remember sequence uris for downloading the files at the end of the import

adapt source reference in ABCD import

fix #7433: get specimen by genetic accession number

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/5.0.0'

updating poms for branch'release/5.0.0' with non-snapshot versions

change v in develop poms 4.16->5.1

change version from 4.15 => 5.0 in cdmlib release

ref #6752, ref #6627 fill verbatimDate in CDM light

ref #6752 return type for setDatePublished(TimePeriod) and set to deprecated

updating poms for 4.16.0-SNAPSHOT development

ref #6752 fix NPE in VerbatimTimePeriod parser

ref #6752 stricter handling of Reference.setDatePublished (only for calling methods)

cleanup

ref #6752 first implementation of VerbatimTimePeriod parser

ref #6752 toString for VerbatimTimePeriod

ref #6752 strictly use VerbatimTimePeriod where possible