- extended test

add indexed adder and remove method to identifier list

 - fixed service method and extended test

merge-update from trunk

add i18n description for Classification. #4428

Geo and time scope for Classifications  #3699

Geo and time scope for Classifications  #3699

first implementation for DnaQuality #4434

Make Contact URL an url  #3920

Make Contact URL an url  #3920

remove View class #4316  and update script for authorTeam rename #4432

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

minor

clean up Endnote import

adapt tests to missing Reference.series #4293  and not null constraint for test database ddl #4382

added NotNull constraints to User.username, Group.name, GrantedAuthorityImpl.authority  #4382

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

adapt tests to missing Reference.series #4293

minor

remove series from Reference #4293

add IdentifierType Vocabulary

fix update script to run with MySQL, add TermType IdentifierType, add List index on identifiers

adapt tests to 3.4

merge trunk for pom.xml

minor

latest update script update

make Identifiers a List

merge-update from trunk

 - extended ABCD import test to check for AgentBase

 - added additional ABCD path to search for gathering agents

minor

adapt jena pom to work with parent version numbers

minor

Move jena version number to parent pom

replaced taxontree with classification for the rest api documentation

@Audited has to be added to the sourceType then the sourceType column of the OriginalSource_aud allows null values. (#4396)

merge-update from trunk

use an older version of jena because 2.12.0 needs java7

merge-update from trunk

 - re-enabled identifier set in IdentifiableEntity

 - fixed copy&paste error in Primer.change()

add serial version number

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

the error in 2.12.0 pom of jena is fixed in 2.12.1 (https://issues.apache.org/jira/browse/JENA-790)

move the profiler back to persistence

moving profiler to commons

minor

adapted tcs rdf and xml import, using apache jena for rdf import
tcs import for caryophylales
minor

Added a classification selector view for vaadin client.

fix Specimen import test

 - add determination to field unit when importing via SpecimenImportView
 - do not add IndividualAssociation between taxon and field unit

Added null checks for comparator

Ignore new Specimen Test as it fails to run in suite

remove warn logging form media data

merge-update from trunk

 - fixed multiple creation of subspecies nodes

HandlingCdmEntitiesTest.java / HandlingCdmEntitiesTest.xml : Added new test to describe save, update, merge of cdm entities (mimicking remoting)
cdmlib-remote-servlet.xml : added commented option to expose remoting
CdmIntegrationTest.java : added comment on how to disable transactional behaviour in tests

merge-update from trunk

 - fixed the unnecessary creation of multiple references and taxon nodes in ABCD import
 - added new ABCD import test

 -added CleanSweepInsertLoadStrategy to fix failing test

 - refactored data structure for taxon identifications in ABCD import
   - trimming scientific names avoids creation of multiple taxa/taxon nodes
 - added check for number of taxon nodes to test

 - cleaned up code

 - fixed typo

fix delete taxon nodes with children

merge-update from trunk

 - added resetFields() method to avoid NonUniqueObjectExceptions

bugfix for null rank in #4374

update javadoc for OrderedTermBase.compareTo

minor javadoc

remove generics

compare classes instead of voc

add override

generics

typos

overwrite the performCompareTo method in PresenceAbsenceTermBase for a comparison of presence and absence terms (presence terms are sorted before absence terms)

handle null name

 - fixed case where a DerivedUnit is given as method parameter -> needed also to check for parent FieldUnits