Minor

Change xstream from 1.4.8. -> 1.4.7

Latest updates to libraries #4716

removing old unused foreign package

documenting reason for having a fereign package

Update to latest dependencies  #4716

Cleanup CdmTermCacher and CdmCacher

cleaning up gitignore a bit

switching remoting on in eclipse launcher

disabling csrf mode in spring security for remoting endpoints

solving probelms with running the jetty-maven plugin:
    - plugin downgrade to jdk 1.7 compatible version
    - downgrading xstream to jdk 1.7 compatible version
    - setting user.home to target folder

Minor

Handle AuditEvent hibernate sequence update in CdmUpdater correctly
#4716

Adapt log4j.properties to hibernate deprecated logging problem

Change logging error to info

Use more generic postgresql driver

Use more generic postgresql driver

Fix failing test in cdmlib-services

Use correct StringUtils class

minor

Latest changes markup import

Fix NPE in DistributionNodeByAreaLabelComparator

#5479 preliminar solution for user defined presenceAbsence terms vocabularies

Further fix right quotation mark parsing

Add different apostroph to author name parser

improve getPresenceTerm and getNamedArea in CdmImportBase

Add originalRecord to excel import state and cleanup

Add NomenclaturalStateType 'ined.'

Add commented base code for guessBasionym function to Homotypical group

- and cleanup

Cleanup

#5477 circumventing bug that broke test and creating nwe test to reproduce the issue

Add assignmentStatus as parameter to occurrence retrieval in service
method

fix gitattributes and add derived file to gitignore

lowering jetty-maven-plugin  version to 9.1.3.v20140225 for compatibillity with java 1.7

Revert "fixing path to spring aspect jar and updating antrun plugin"

This reverts commit 621096729bf02d85279f4520d47fab9ea330edbe.

fixing path to spring aspect jar and updating antrun plugin

setting merge driver to ours in gitattributes for all pom.xml - helps avoiding conflicts in gitflow

Merge branch 'hotfix/3.12.1' into develop

#4962 fixing LIE by re-adding init strategy for taxonNames

updating poms for 3.12.1 branch with snapshot versions

Update to lucene 5.4 and some minor dependency updates

Clean up CdmImportBase

Update dependencies to the latest versions (except for lucene) #4716

minor changes to ExcelImporterBase

Cleanup DbImportStateBase

fixing problems regarding lucene search after merge - one test still failing

updating version of new maven module

solving last merge problem

resolving conflicts after merge of ticket_4716 into develop

Latest changes for Markup Transformer

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.12.0'

updating poms for branch'release/3.12.0' with non-snapshot versions

Add PostGreSQL to Source class and clean up PostgreSQL DatabaseType

Add features for FM vol8

updating poms for 3.13.0-SNAPSHOT development

Fix TransientObjectException for distribution map #5357

Test do not yet work fully and are commented

reverting failed attempt to fix maven resources filtering for windows

Revert remote-webapp changes partly to test what the error is

avoiding NPEs in pager

try to fix remote-webapp test

Cleanup description generics (related to #5357)

Change remote-webapp pom to work under windows

Some minor markup routine updates

Increase Gbif webservice version number #4571

minor

revert the commit of the renamed deletelistener

add null check for delete and minor

minor for #5391

#5397 exclusion of paths in swagger config fixed

#5397 swagger-ui web application working, layout fixed

#5397 support for menu instead of select in springfox-ui

#5397 replacing swagger-ui by springfox-swagger-ui

#5397 replacing swagger-springmvc by springfox-swagger2

#5397 fixing mapping problems in Description* controllers

organizing imports

#5397 creating separate controller for DescriptionElemens: avoids need for CdmAntPathMather and thus simplifies the Spring configuration

organizing imports

organizing imports

#4716 reduicing clutter in the lucene index and solving performance problems which probably fixes #4277 and #3663

Generalize term service method listByTermType()

#4761 performance improvent of massindexer by using new hibernate 5 massindexer, speedup by 3x

#4761 performance improvent of massindexer by using new hibernate 5 massindexer, speedup by 3x

#4761 removing @Indexed from abstract base classes since hibernate now fully supports polymorph class hierarchies

#4761 avoiding deprecations in highlighter api

#4761 updating means to obtain the IndexManager to new hibernate search api and extending according test

#4761 TopDocs adapting to removed IndexSearcher.setDefaultFieldSortScoring(boolean, boolean) method

#4761 TopDocs now supports maxScore, so TopGroupsWithMaxScore has become obsolete

#4761 removing @Field annotation from CdmBase.id which has become obsolete

#4761 correcting usage of new paramaters joinQuery parameters ScoreMode and multipleValuesPerDocument

adding note with link to the cdmlib-remote-webapp configuration and bootstrapping wiki page

#4761 fixing broken area filter join query, by circumventing a bug in lucene LUCENE-4824 (numeric fields not supported in join queries)

#4716 fixing proplems with testdata by making use of the CleanSweepInsertLoadStrategy.class

#4716 using BooelanQuery added with Occur.FILTER instead of deprecated search method

#4716 removing deprecated usage of new BooleanQuery, using BooleanQuery.Builder instead

index creation without errors, most lucene search test working again
  - using TextField instead of StringField to enable tokenization for some fields
  - @IndexedEmbedded(includeEmbeddedObjectId=true) added where necessary

Add uuid based method for getAllChildDerivatives()

Specified method signature as type designations are only available for
DerivedUnits