Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib into remoting-4.0

Conflicts:
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/common/DefinedTerm.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/common/DefinedTermBase.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/reference/Reference.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/taxon/Taxon.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/CommonServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/DescriptionServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/ICommonService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/INameService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/ITaxonNodeService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/ITaxonService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/PolytomousKeyNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/UpdateResult.java

added dirs and files to ignore

added id to uuidAndTitleCache  #4799  (bugfix)

added id to uuidAndTitleCache

increasing the permGenSpace in the eclipse launcher

fixing problem with missing autinitialization of titleCaches, contributes to #4919

AnnotatableEntity : removed dynamic generation of marker set
Taxon : reverted
TaxonServiceImpl : added affected object on delete

 - implemented importing of DNA ABCD units
 - DNA sampled will be attached to already existing specimens
 - re-enabled tests

sloving NPE in AdvancedBeanInitializer

fixing bug related to generic types

further performance improvements: - better autoinitialization of collection items, - fixing bug in AdvancedBeanInitializer: adding missing LEFT to JOIN FETCH

fixing bug in matchesLevel method

adding missing sources

removed vaadin dependency

 - added tests to ignore because other tests fail :-/

speed up of DistributionTree.orderAsTree() by factor 1.6

setting source dependencies for m2e enviromnent

adding method to get the intentifier from hibernate proxies

increasing the permGenSpace for profiling sessions

performance improvement by 42% by using default initstrategy for composeDistributionInfoFor()

 - re-enabled and fixed ABCD import tests(#4910)

 - added null check

 - improved name matching for NamedAreas (continents) in ABCD import (#4910)
 - added null check
 - fixed ggbn extension check

 - optimized name matching for terms in ABCD import

try to fix ConcurrentModificationException in ValidationExcecutorTest  #4851

fixing further bean field property mapping probelm, contributes to #3841: resolve bean inconsistencies

adding missing @Transient

 - made service methods public
 - added java doc
 - fixed typo

 - added option to retrieve indirectly associated specimen
 - added service method to retrieve the completete derivative hierarchy for a given specimen
 - added test

fixing  #4179 (improve performance of portal/taxon/{uuid}/media)

adding log4j.properties in user home to launcher

fixing #4903 (SQLGrammarException exception in description/namedAreasInUse)

adding forceSchemaUpdate to the cdmlib-remote-webapp launcher

 - added config option to ignore already existing specimens during import
 - for ggbn import already existing specimens are searched and attached if associated to the dna unit
 - refactored AbcdReport to also display the unitId

 - added significantIdentifer as search parameter to occurrenceService.findByTitle()

 - added modifying text to factual data label #4883

make the taxonomic tree editable in natural order (see #3771), adding comparator

delete the embedded class UuidAndTitleCacheOfAcceptedTaxon

privates for uuidAndTitleCache

 - added count to single reads in portal

 - changed "derivate" to "derivatives"

change SupportedCategoricalEnumeration and RecommendedModifierEnumeration from OneToMany to ManyToMany  #4843

implement datasource type inference for external datasources: #3910

 - show primer information in specimen tab although no contig file specified

updated cdm-vaadin version to 3.5.2-SNAPSHOT

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.5.1

minor

Implement bidirectionality for QuantitativeData-StatisticalMeasurementValue #4845

fix stateData removal  #4840

add validation rule request for idInVocabulary  #3379, #4245

minor

Partial Fix of Ticket #4728

solving problem in #4803 (Upgrade dbunit and easymock)

ignore

fix remove hybrid method (related to #2576)

added not blank handling for potential notEmpty strings  #4653

added not blank handling for potential notEmpty strings  #4653 , solving compilation issues

Partial fix of Ticket #4728

added not blank handling for potential notEmpty strings  #4653

minor

fix move description element bug  #4806

minor

fix XmlType.propOrder  #4840

implement bidirectionality on CategoricalData-StateData #4840

fix relationship type for CategoricalData-StateData  #3382

updating vaadin version

Changed order of PresenceAbsence terms according to E+M ordering  #3906

Remove left join from listNamedAreasInUse #4820

 - order character data by key name

Capital letters for term types, related to #4553

fix hybrid parsing with existing hybrid relationships on full reference parsing #2576

fix parsing of hybrids as fullReferenceName  #2576

minor

fix hybrid parsing with existing hybrid relationships #2576

fixing  #4752 (RL Webservice 9: CommonName Webservice)

fixing infinite loop in HybridRelationship.compareTo #2576

cleanup NonViralNameServer doc

fix isSection  #4556

 - reverted sorting order of field units

Add millimeter (mm) as new measurement unit

 - split up DTO images in specimen scans and detail images

fix term loading bug for originally empty vocabularies #4248

cleanup AuthorityControllerTest

cleanup LSIDAuthorityServiceImpl

minor

upgrade unitils 3.3->3.4.2  #4636

additing titleCache to administrative area

fix bug for wrong StringUtils used in PresenceAbsence term

fix bug in TaxonNodeDaoHibernateImplTest.testSortindexForJavassist2

revert easymock -> 3.1 because of IllegalArgumentException: Partial mocking doesn't make sense for interface
upgrade xmlunit 1.4 -> 1.6
#4636

upgrade easymock 3.1 -> 3.3.1  #4636