Map preparation material to derivation event description

Test import of sparse ABCD file

Fix potential NPE

Add method for single read deletion

Fix singleton constructor with specimen types

Do not set consensus sequence of single read alignment to null when
deleting the alignment

Add delete method for SingleReads

Remove comments

correcting the cleanup of sub areas labes in condensed distributions

applying subAreaPreference exclusively for maps

subAreaPreference Rule can be run completely separately
    - also reoving old unused code
    - removing documentation on osoltete rule
    - removing all missleading errors on the subAreaPreference in documentation an comments

Fix potential NPE

Evaluate unit association type in ABCD import

 - added test
 - correctly set derivative hierarchy

Check if primer or amplification already exist

Evaluate UnitAssociationType during import

Current rule for the relation between the imported unit and its
associated units:
 - "same population" => sibling relation
 - "same individual" => parent-child

Add find- and countByTitle() methods to primer and amplification service

Split up test for unit associations

Fix potential NPE

Parse sample designation in ABCD GGBN import

Move up name parsing

Import associated units

 - Set derivation event correctly
 - adapted test

Import associated units via BioCase query

Move prefix parsing to utility method and import state

Move unit parsing to utility class

Import associated units in ABCD import

Worked on the order of importing units especially when associated units
are present.
Adapted test.

 - added missing columns for derivative import

??

Adapt to method parameter change

Import associated units in ABCD import

First changes

Refactor ABCD import

Moved class variables to import state

 - fixed date parsing
 - fixed primer saving
 - added new parameters to test

 - added preservation/preparation parameters
 - fixed parsing of unitID

 - correctly connected primer, amplification, single reads and sequences
 - parsed UnitAssociation to correctly set specimen data
 - added UnitAssociationParser

 - refactored dna parsing
 - added utility classes and person parser
 - adapted test
 - added parsing of more molecular parameters

correctly assigning INTRODUCED_NATURALIZED to n=naturalizes for condensed distribution - #3907

fixing sort order in condensed distribution - #3907

removing obsolete warning from log - #3907

#5009 Add service method to update all nodes

fixing bug that occurred with empty distributions- #5041

Add default delete method for uuid collections and implement update nodes method in polytomouse key service

Further fix DistributionTree.matchesLevels #5041

Fix DistributionTree.matchesLevels #5041

Fix label order marker types in imports

Fix ClassCastException in call to distributionInfo service #5041

Add getTermByIdInVoc method to vocabularies

Improve transmission engine parameters for web service (#5040)

Fix umlaut bug in parser test

Fix unparsed sections and subsections  #4764

#5034 Add methods for testing handler / operations architecture

Fix updateSortindex test for TaxonNode javassist objects

#5032 Add new test service for remoting clients

Fix possible but in FeatureNode sortindex creation

See similar issue in TaxonNode sortindex creation.

minor

minor

Fix sortindex computation in TaxonNode

After commit from 2015-06-18 the sortindex was computed slightly
different. In some cases the parent was not deproxied anymore and
therefore the parent.childNodes always returned the empty list of the
proxy object instead of returning the actual childrens list.

some bugfixes in CondensedDistribution composition code - #3907

minor documentation cleaning

composition of condensed distribution fully implemented - #3907

base framework for condensedDistributions implemented - #4911

performance: avoiding second distribution filtering when creating the DistributionServiceRequestParameterString -  #4911

replacing 'non-java-doc by {@inheritDoc}

Clean up transmission engine and BerlinModelTransformer

#5031 Corrected common service / dao collection methods to use uuid + fieldName

Fix classloading priority of patched hibernate class

#5025 : Add new cdm entity identifier object and use case in taxon node service

Improve E+M post import methods  #3979

Improve distribution transmission engine for E+M import  #3979

Add publisher role uuid and clean up FirstDataInserter  #3979

Add hidden area related UUIDs to BerlinModelImport  #3979 .5

Add E+M vocabulary uuid to E+M-Transformer

Add isImport request to import configurator

#5025 : Add CdmBase id+Class objects to UpdateResult

Solve merge conflict for CdmTransactionalIntegrationTest

Cleanup dao test classes

Rename remaining occurrences of xxxAuthorTeam  #4968

Rename remaining occurrences of combinationAuthorTeam and
basionymAuthorTeam in code and other files

Rename NonViralName.xxxAuthorTeam to xxxAuthorship  #4968

3.6.2 has just been released, setting version to 3.6.3-SNAPSHOT

Fix ignored test in TaxonDaoHibernateImplTest  #2815

#5007 : Correct setting of updated objects when deleting taxon

Fix ignored test in DescriptionElementDao  #2815

Remaining tasks

Cleanup Identifiable service

Copy DeterminationEvent data when moving derivates

bumping  project version to 3.6.2-SNAPSHOT, 3.6.1 has already been released

fix titleCache for et al. teams  #4967

add non-absolute test to isServiceAvailable #4587

fix parsing of names with teams in name and reference #2223

minor

forgot to check in the changes

- add @Audited to all type properties
- add taxonNodeComparator for rank and alphabetical orderedVocabularyDao
- change delete() methods arguments to UUIDs

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1'

Fixing test for listRankSpecificRootNodes

add @Audited to the argument type

fix listRankSpecificRootNodes behavior for ranks in between and some
additional tests

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib

IUserService, UserService : added db check methods
remoting-services : moved database service to be included in security filter

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1'

Merge branch 'master' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/cdmlib

some additional test for #2778

add some tests for rankSpecificRootNodes, related to #2778

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1' of https://dev.e-taxonomy.eu/git/cdmlib into RankSpecificRootNodes-1