Fix potential NPE

Minor

Add reported in error static method

Fix cache strategy for taxon base with appended name #5586 and #5577

Fix bug in TextData factory method.

upgrading yourkit agent to version 2015

Minor

Add separator after nom status in taxon titleCache #5576

excluding database drivers from cdmlib-remote-webapp.war

removing c3p0 jar from cdmlib-remote-webapp.war

Fix for DnaSample relation to Identifier, Annotations, etc.
 - Add DnaSample to metaDef for Any relation in package-info.java
 - added test for SampleDesignation for DnaSample

Fix failing test

Revert "#5563 fixed by avoiding access to null FeatureNodes"

This reverts commit cabfc584dd026a8c139b837af01af786bb619bed.

Fix et al. for collectors   #5568

Adjust specimen delete configurator
 - when isDeleteChildren is true then also molecular data will be
deleted
 - specimen descriptions will always be deleted

Add missing Transactional annotation to delete method

#5563 fixed by avoiding access to null FeatureNodes

latest changes to markup import

Fix CCE in DefinedTermDaoImpl.getPartOf (#5556) and make deproxy more
generic

Merge branch 'hotfix/3.12.4' into develop

Conflicts:
cdmlib-services/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/api/facade/DerivedUnitFacadeCacheStrategyInjectionTest.java
cdmlib-services/src/test/resources/eu/etaxonomy/cdm/api/facade/DerivedUnitFacadeCacheStrategyInjectionTest.xml

updating poms for branch'hotfix/3.12.4' with non-snapshot versions

Fix strategy injection test

Fix test for cache strategy loading

Fix javassist error for specimen cache strategy loading #5545

Fix test for cache strategy loading

Fix javassist error for specimen cache strategy loading #5545

Latest changes to markup import

updating poms for 3.12.4 branch with snapshot versions

Add invasive to MarkupTransformer

Add new status to Markup-Transformer

Merge branch 'hotfix/3.12.3' into develop

Conflicts:
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/test/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonServiceSearchTest.java

Merge branch 'hotfix/3.12.3'

updating poms for branch'hotfix/3.12.3' with non-snapshot versions

fixing init strategy which was broken after refacoring

Implement preliminary Specimen cache strategy using facade cache
strategy

Improve status handling in markup import

adapt test for searching for name without taxon

adapt test for searching for name without taxon

fix  #5538

Allow recognizing forma in ranks

Latest changes to markup import

Revert last commit (taxon node handling is done in taxeditor)

Fix potential NPE when creating a new taxon for a classfication

Use correct column length annotation #5535

#5532 adding missing item to init strategy

minor

check for empty excludeUuid list

solving more problems which stem from previous refactoring

solving problems which stem from previous refactoring

minor

cherry pick from develeop

new createNewTaxonNode service method

minor

Minor changes to ResultSetPartitioner

Fix volume range bug in name parser #5518

Upgrade lucene to 5.4.1 due to bugs in 5.4.0

Latest fixes for markup import

Fix specimen retrieval by assignment status

updating poms for 3.12.3 branch with snapshot versions

new createNewTaxonNode service method

#5506 excluding NOP logger to help SLF4J binding the desired logger

comment regarding c3p0 version linkange to cdm-server

Minor

Javadoc

Fix NPE in HibernateProxyHelper for null objects

Rename persistence.xml to persistence_test.xml in cdmlib-test

Minor

Change xstream from 1.4.8. -> 1.4.7

Latest updates to libraries #4716

removing old unused foreign package

documenting reason for having a fereign package

Update to latest dependencies  #4716

Cleanup CdmTermCacher and CdmCacher

cleaning up gitignore a bit

switching remoting on in eclipse launcher

disabling csrf mode in spring security for remoting endpoints

solving probelms with running the jetty-maven plugin:
    - plugin downgrade to jdk 1.7 compatible version
    - downgrading xstream to jdk 1.7 compatible version
    - setting user.home to target folder

Minor

Handle AuditEvent hibernate sequence update in CdmUpdater correctly
#4716

Adapt log4j.properties to hibernate deprecated logging problem

Change logging error to info

Use more generic postgresql driver

Use more generic postgresql driver

Fix failing test in cdmlib-services

Use correct StringUtils class

minor

Latest changes markup import

Fix NPE in DistributionNodeByAreaLabelComparator

#5479 preliminar solution for user defined presenceAbsence terms vocabularies

Further fix right quotation mark parsing

Add different apostroph to author name parser

improve getPresenceTerm and getNamedArea in CdmImportBase

Add originalRecord to excel import state and cleanup

Add NomenclaturalStateType 'ined.'

Add commented base code for guessBasionym function to Homotypical group

- and cleanup

Cleanup

#5477 circumventing bug that broke test and creating nwe test to reproduce the issue

Add assignmentStatus as parameter to occurrence retrieval in service
method

fix gitattributes and add derived file to gitignore

lowering jetty-maven-plugin  version to 9.1.3.v20140225 for compatibillity with java 1.7

Revert "fixing path to spring aspect jar and updating antrun plugin"

This reverts commit 621096729bf02d85279f4520d47fab9ea330edbe.