implement bidirectionality on CategoricalData-StateData #4840

fix relationship type for CategoricalData-StateData  #3382

updating vaadin version

Changed order of PresenceAbsence terms according to E+M ordering  #3906

Remove left join from listNamedAreasInUse #4820

 - order character data by key name

Capital letters for term types, related to #4553

fix hybrid parsing with existing hybrid relationships on full reference parsing #2576

fix parsing of hybrids as fullReferenceName  #2576

minor

fix hybrid parsing with existing hybrid relationships #2576

fixing  #4752 (RL Webservice 9: CommonName Webservice)

fixing infinite loop in HybridRelationship.compareTo #2576

cleanup NonViralNameServer doc

fix isSection  #4556

 - reverted sorting order of field units

Add millimeter (mm) as new measurement unit

 - split up DTO images in specimen scans and detail images

fix term loading bug for originally empty vocabularies #4248

cleanup AuthorityControllerTest

cleanup LSIDAuthorityServiceImpl

minor

upgrade unitils 3.3->3.4.2  #4636

additing titleCache to administrative area

fix bug for wrong StringUtils used in PresenceAbsence term

fix bug in TaxonNodeDaoHibernateImplTest.testSortindexForJavassist2

revert easymock -> 3.1 because of IllegalArgumentException: Partial mocking doesn't make sense for interface
upgrade xmlunit 1.4 -> 1.6
#4636

upgrade easymock 3.1 -> 3.3.1  #4636

upgrade junit-benchmarks 0.5.0 -> 0.7.2  #4636

upgrade junit 4.11 -> 4.12  #4636

adding first implementation for getting a csv file with all name informations

removing sql tracing from DescriptionDaoImpl

 - added image gallery to specimen details page

fix Index out of range Exception, #3910

inalizing implementing option to update the database scheme via cdmlib-remote, related to r19571

fixing  #4798 (NPE in DescriptionListController at descriptionElement/byTaxon?taxon={uuid})

removing invalid link from swagger-ui

whitespace

adapting the setters of attributes with @NullOrNotEmpty annotations #4653

fixed typo

corrected link to maven repo

 - fixed parameter assignment with no effect

 - added findOccurrences() and countOccurrences() to service layer
 - added configurator for these methods
 - optimized retrieval with HQL query
 - made use of service method in DerivateSearchView

 - fixed recursive method

whitespace

allowing to use the freetest search with empty query strings, so that only the additional search filters are taken into account

order area terms DTOs by idInVocabulary

fixing NPE in TaxonPortalController.doGetSubtreeMedia() for the request path taxon/{uuid}/subtree/media

adding source folders

 - reverted temporary changes for titleCache generation

fixed request parameter to match the convention of using the pathvariable

 - added wrapper for map service query to have access to the data points
 - used data points as parameters for the bounding box of the point distribution map

 - temporarily disabled test

 - quick&dirty copy&pasted getMostSignificantIdentifier() to facade cache strategy

 - fixed some design issues

 - fixed citation string and specimen determination string in portal assembly

 - fixed potential NPE

 - fixed dateString assembly for compressed specimen table

quick fix for cache strategy exception. Cache strategy not yet correctly created. #4773

first implementation of team->person->team conversion #4769, #4770

Fix merging of names of different types test

allow different type merging not only for reallocation of links

minor

clean up AgentService

minor

remove onlyReallocate links as this is not yet implemented  #4768

Make deduplication of TeamOrPersonBase possible in cdmlib #4768  and solve test problem in CdmGenericDaoImplTest #2096, finding some bugs in between

 - added service method to get the most significant identifier for a derived unit
 - added character data icon to specimen table
 - fixed derivate flags in DTO assembly

 - added specimen citation, associated taxa and typed taxa to specimen page (#4765)

 - get accessionNumber from specimen identifiers in this order accNo>barCode>catalogNumber
 - refactored PHP
 - added flag for specimen page in compose function

 - fixed potential NPE
 - fixed herbaria assembly

add O'Connor and zur Strassen as parsable authors.  #4759

 - added setter

add new UTF8 characters

Fixing failing search test, using better utf8 handling

correct handling of terms with multiple representations

implementing better namedAreasInUse service for  #3994 (Select widget to choose the filter areas for the advanced search)

fixing broken characters

implement clone for SingleReadAlignment

minor

first implementation of WrappedCdmDataSource #3910

no null return type even safer

 - added generic method for specimen details used in table and details page

 - fixed potential LIE

 - fixed potential null values
 - added uuid to preserved specimen dto

get Shift always returns empty array instead of null   #4734

remove imports

minor cleanup