cleanup

#5268 Add convert methods which take uuid as input

fixing getUUIDAndTitleCache for Classification and excluding taxa

Fully remove old vocabulary.byClass methods  #3843

accept the change from a number to null in TimePeriod fields #5319

Remove listEmpty method from TermVocabularyDao #3843

Add vocabulary list method by term types #3843

minor

minor

move description fix

move descriptions and elements

Merge branch 'ticket-5066' into develop

Conflicts:
cdmlib-persistence/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/persistence/dao/hibernate/common/CdmEntityDaoBase.java
cdmlib-persistence/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/persistence/hibernate/PostMergeEntityListener.java

minor clean ups

Cleanup SecurityTest

Adapt listeners and tests to new pre-insert strategy  #5066

Add cascade merge to members field

#5309, #5310 Switch on write transaction annotation for delete, Add load methof for updating session cache

Fix recursive merge call

Add new merge method for root entitites which returns the newly created MergeResult object

Add new service method for retrieving all associated taxa for a specimen

Merge branch 'develop' into ticket-5066

Conflicts:
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/common/Language.java
cdmlib-persistence/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/persistence/hibernate/CdmListenerIntegrator.java

typos in documentation

Add commented code for copying properties

Set transient id for root merge object

Extend media gathering for taxon specimens

Add merge method to return updated transient object for lists

#5281 Make SingleReadAlignment.Shift serializable

#5299 Add new entity listener and event firing

#5256 Add test for description reference problem

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

Updating develop poms to hotfix version to avoid merge conflicts

Merge branch 'hotfix/3.11.1'

updating poms for branch'hotfix/3.11.1' with non-snapshot versions

resolving conficts in project versions after hotfixrelease

Merge branch 'hotfix/3.11.1'

#5288 - avoiding unncessary entitiy loading, using uuid instead in dao methods

updating poms for 3.11.1 branch with snapshot versions

Revert "#5288 - avoiding unncessary entitiy loading, using uuid instead in dao methods" since this commit needs to be in a hotfix release.

This reverts commit 2693f7105470815383cdf485355e7fc5ad81ed68.

#5288 - avoiding unncessary entitiy loading, using uuid instead in dao methods

Add a new merge method in the service base class which allows the option to return the transient object

minor

minor

adapt CacheUpdater to changes in ImportConfiguratorBase
minor changes in TcsXmlNameImport

minor

minor

fixing merge conflict

minor

minor

minor

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.11.0'

updating poms for branch'release/3.11.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.12.0-SNAPSHOT development

#5259 Add method to init defaul terms

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.10.0'

updating poms for branch'release/3.10.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.11.0-SNAPSHOT development

remove ignore from IPNI test

Ignore Ipni test preliminary

#5249 Correct if statements

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.9.0'

updating poms for branch'release/3.9.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.10.0-SNAPSHOT development

Preliminary ignore IPNI test

#5223 Copy utility method from service to derived unit

Deprecate getCharacterData method in service layer

Implement hasCharacterData and isCharacterData.
And fix characterData semantics.

move specimen.getCharacterData to model

Add taxon to updated objects when taxon is not to be deleted

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.8.0'

updating poms for branch'release/3.8.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development

minor

Revert "updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development"

This reverts commit 1a052a9893afe93249cf81603f410a4e454c305a.

updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development

fixing move Accepted taxon to synonym

clean up taxon cache strategy

Document new initListener method (#5161)

#5234 Add required updated taxon nodes

Simplify getNameTags in Taxon cache strategy (#5229)

Create new tag type for secundum reference (#5229)

Allow retrieving objects via ICommonService and UUID (#5160)

#3991 hiding the delegeate boolean properties in TaggedText by making them protected

#5229 avoiding LIE by autoinitializing the taggedTitle for TaxonBase

#5229 implementing output of TaxonBase.getTaggedTitle in web services
    - turning the TaxonBeanProcessor into TaxonBaseBeanProcessor
    - adding taggedTitle to the taxon instances returned by the portal service

bug fixes regarding performacne measuring

more detailed measuring time of accumulation in TransmissionEngineDistribution for performance testing

measuring time of accumulation in TransmissionEngineDistribution for performance testing