update minor changes in COmmonName import and DatabaseMappingTest

the basic output of the features is done

just to save this state, the feature part is almost done

Updated existing tests to add '[]' around CRUD values

added equals method which checks the authority string

CdmAuthority : Changed regex to allow for CRUD operation values to be surrounded by '[]'
Operation : Updated to parse multiple, comma-separated CRUD values

added test from CDM Authority parsing

remove direct service dependency in io

minor

italic and bold in textnodes is now translated to mediawiki templates

the taxon tree is now a mediawiki template, so we could delete the xsl template

Tidied up.

Fixed bold and italic tag processing.

Added template to convert html tags within text nodes to xsl:fo italic and bold.

the taxon tree is now in the taxon page

Added the titleCache of the Polytomous key to the output.

Added template to display polytomous key and added page numbers to xsl:fo for PDF output.

each taxonomic category is now attached to it's higher taxon category.
so we can navigate through the taxon relations now

Added @Ignore to PublisherTest

Updated test class PublisherTest.java for running the print publishing using RemoteXMLEntityFactory.java

Fixes #3285

fix mapping for taxrel excludes in BM import

solving lazy loading exception

fixing json-lib dependency

created a simple categories tree, and figured, that we have to parse the tree
while creating the pages and categories to create the category linkeage

the layout has been moved to the mediawiki templates

categories work now

stylesheet to translate CDM exports (xml) to mediawiki pages

setting correct snapshot version manually: 3.2.0-SNAPSHOT

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.2

portal controller: marker.makerType

check if type of synonym relation is not null

added possibility to move accepted taxon (with homotypic synonyms) to a synonym

replace pom.xml

merge branche specimen import abcd and synthesys

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.1.4

paging mechanism of pageByAssociatedTaxon() fixed

Lists all Media found in an any TaxonDescription, NameDescription, SpecimenOrObservationBase, DnaSample Chromatograms, etc. associated with this taxon for #3305 (Collect images via taxon relations)

circumventing missing sequence service to get annotations

adding default case to switch statement in ReferenceType.getCacheStrategy()

code with now effect commented out

Adding dependency for xom for XML serialization for the REST web services.

missing fields for dna sample display for #3329 (Implement DNASample for Dataportal display)

handling null value

Added a temporary test class for testing the XML creation for print publishing.

TaxonNodeServiceImpl : added clearing of relation sets
TaxonDaoHibernateImpl : added 'isOrphaned' field to hql query for building UuidAndTitleCache objects

UuidAndTitleCache : added new member isOrphaned (new constructor + getter)
TaxonBase : added getIsOrphaned declaration
Taxon : added getIsOrphaned definition
Synonym : added getIsOrphaned definition (always returns false)

remove import

minor

add lazy load GenBankAccession test

TransmissionEngineOccurrence now creates descriptions tagged with MarkerType: COMPUTED

adding new MarkerType: COMPUTED

adding missing records to the test TermsDataSet

adding missing default case for switch

removing variable assignment with no effect

Allow Locus to be loaded by javassist (fixing #3340)

minor

some more dependency changes #3332

parent pom  update

update some further dependencies

minor typo

Added a new Controller and DTO classes to create a flattened structure for presentation of Polytomous keys.

Moved methods to superclass AbstractController and refactoring.

updated jdom dependency in cdmlib-print

minor

adapt benchmark test (compile error before)

update a set of cdmlib dependencies (not yet spring, hibernate, and other critical ones)

update a set of cdmlib dependencies (not yet spring, hibernate, and other critical ones)

update wrong interface type for benchmark test

update all cdmlib dependencies except for those creating test problems, spring, hibernate, jdbcs, Xerces and some others

minor

commit merge from trunck

add httpcomponents/http-core

update dependencies for httpclient, ezmorph, poi, wsdl4j (1.6.2), jaxen (1.1.4), xpp3 (1.1.4c)   #3332

updated wsdl4j (1.6.2), jaxen (1.1.4), xpp3 (1.1.4c)

update dependencies for opencsv, easymock, jtds, httpclient, ezmorph and poi  #3332

adapt DwcaZipToStreamConverter to opencsvReadr 2.3

revert log4j version to 1.2.15 as in creates problems with javax.mail dependency in cdmlib-io

remove dependency from javax.mail exceptions

update dependencies for opencsv, log4j, easymock and jdts

fix unicode in MobotOpenUrlServiceWrapperTest

Create branch for hibernate 4 migration

re-enabling TransmissionEngineOccurrenceTest

solving application context problem

solving wired resource not found problem

ignoring test to prevent from running in eclipse

increasing heap for tests to avoid garbage collection execesses

TransmissionEngineOccurrence done also with test + some improvements regarding test data generation

documentation

deleting temp file

fixing absence terms in datasets

first implementation of TransmissionEngineOccurrence and basic test

CdmApplicationDefaultConfiguration bean explicite in app context config

documentation

calls to loadRankSpecificRootNodes() in tests and other classes adapted

loadRankSpecificRootNodes() documentation

loadRankSpecificRootNodes() extended, according test enabled and extended

typo