Fix possible but in FeatureNode sortindex creation

See similar issue in TaxonNode sortindex creation.

minor

minor

Fix sortindex computation in TaxonNode

After commit from 2015-06-18 the sortindex was computed slightly
different. In some cases the parent was not deproxied anymore and
therefore the parent.childNodes always returned the empty list of the
proxy object instead of returning the actual childrens list.

some bugfixes in CondensedDistribution composition code - #3907

minor documentation cleaning

composition of condensed distribution fully implemented - #3907

base framework for condensedDistributions implemented - #4911

performance: avoiding second distribution filtering when creating the DistributionServiceRequestParameterString -  #4911

replacing 'non-java-doc by {@inheritDoc}

Clean up transmission engine and BerlinModelTransformer

#5031 Corrected common service / dao collection methods to use uuid + fieldName

Fix classloading priority of patched hibernate class

#5025 : Add new cdm entity identifier object and use case in taxon node service

Improve E+M post import methods  #3979

Improve distribution transmission engine for E+M import  #3979

Add publisher role uuid and clean up FirstDataInserter  #3979

Add hidden area related UUIDs to BerlinModelImport  #3979 .5

Add E+M vocabulary uuid to E+M-Transformer

Add isImport request to import configurator

#5025 : Add CdmBase id+Class objects to UpdateResult

Solve merge conflict for CdmTransactionalIntegrationTest

Cleanup dao test classes

Rename remaining occurrences of xxxAuthorTeam  #4968

Rename remaining occurrences of combinationAuthorTeam and
basionymAuthorTeam in code and other files

Rename NonViralName.xxxAuthorTeam to xxxAuthorship  #4968

3.6.2 has just been released, setting version to 3.6.3-SNAPSHOT

Fix ignored test in TaxonDaoHibernateImplTest  #2815

#5007 : Correct setting of updated objects when deleting taxon

Fix ignored test in DescriptionElementDao  #2815

Remaining tasks

Cleanup Identifiable service

Copy DeterminationEvent data when moving derivates

bumping  project version to 3.6.2-SNAPSHOT, 3.6.1 has already been released

fix titleCache for et al. teams  #4967

add non-absolute test to isServiceAvailable #4587

fix parsing of names with teams in name and reference #2223

minor

forgot to check in the changes

- add @Audited to all type properties
- add taxonNodeComparator for rank and alphabetical orderedVocabularyDao
- change delete() methods arguments to UUIDs

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1'

Fixing test for listRankSpecificRootNodes

add @Audited to the argument type

fix listRankSpecificRootNodes behavior for ranks in between and some
additional tests

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib

IUserService, UserService : added db check methods
remoting-services : moved database service to be included in security filter

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1'

Merge branch 'master' of ssh://dev.e-taxonomy.eu/var/git/cdmlib

some additional test for #2778

add some tests for rankSpecificRootNodes, related to #2778

Merge branch 'RankSpecificRootNodes-1' of https://dev.e-taxonomy.eu/git/cdmlib into RankSpecificRootNodes-1

avoiding LEFT OUTER JOIN by splitting query in two

adding support for https in UriUtils

avoiding LEFT OUTER JOIN by splitting query in two

cleanup dataset

fix testdata for #2778

fixing missing LanguageString in test dataset for #2778. However, test
still fails.

test commit

only a test

only a test

fix #4976 Titlecache for new vocabularies not filled correctly

minor cleanup

minor cleanup

merging test file from remote master

DescriptionServiceImpl : added dao delete of description
OccurrenceServiceDeepDeleteTest : removed extra delete call
TaxonServiceImplTest : added testing of taxon.removeDescription

correcting wrong merge

pushing delete to end of method to fix problem with merge

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib

implementing modifications requested in #2880

 - correctly cleaned up between test invocations

 - added missing table column to test DB

implementing test to reproduce issue #2778 - the test runs succesfully, so the issue is already solved

providing a example implementation of createTestDataSet()

 - added test for "ignoreAuthorship" option

 - text formatting

 - re-enabled dna quality parsing

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib into remoting-4.0

Conflicts:
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java

reverting back last change

CdmCacher : corrected initializing of default cache
defaultApplicationContext : replaced component scan of cache with specific bean initialization

fixing bug in last commit regarding #4974 (AdvancedBeanInitializer causes error with eu.etaxonomy.cdm.model.description.KeyStatement)

fixing #4974 (AdvancedBeanInitializer causes error with eu.etaxonomy.cdm.model.description.KeyStatement)

adapt csv export for caryophyllales

minor

 - added test to ignore because data base conflicts for later tests

 - added test to ignore because data base conflicts for later tests

 - cleanup DB after test run

minor

add override

disabling sql tracing in logs

fixing #4965 unsupported method getDatabase() in WrappedCdmDataSource breaks forceSchemaUpdate

 - added more ggbn ABCD parameters to import and test

corrected duplicate methods and unimplemented method issue

Merge branch 'master' of wp5.e-taxonomy.eu:/var/git/cdmlib into remoting-4.0

Conflicts:
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/common/DefinedTerm.java
cdmlib-model/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/model/name/NonViralName.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/INameService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/IPolytomousKeyNodeService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/ITaxonNodeService.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/NameServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/PolytomousKeyNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonNodeServiceImpl.java
cdmlib-services/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/api/service/TaxonServiceImpl.java

 - added more parameters to GGBN parser and test

 - added more ggbn parameters

define default sort mode #4226

Adapt enum names for NodeSortMode  #4226

minor

minor

hotfix for MN_Table_Remover

improve handling of substeps in update scripts (immediately stop updating if one step fails)

hotfix for SchemaUpdater_35_36