preliminary remove data generator

preliminary remove data generator

improve FullCoverageDataGenerator

cascade SingleRead.materialOrMethod

allow saving FullDataGenerator data through API (preliminary)

minor

latest changes for VaadinPrototype
* paged tables
* lazy loaded container
* crud functionality for distribution status
* classification selection view
* named area selection view

removed deprecated mortbay logger in MediaController not only because it is deprecated but also because of conflicts with vaadin framework

adapt jena pom to work with parent version numbers

minor

Move jena version number to parent pom

replaced taxontree with classification for the rest api documentation

@Audited has to be added to the sourceType then the sourceType column of the OriginalSource_aud allows null values. (#4396)

use an older version of jena because 2.12.0 needs java7

 - fixed copy&paste error in Primer.change()

add serial version number

the error in 2.12.0 pom of jena is fixed in 2.12.1 (https://issues.apache.org/jira/browse/JENA-790)

move the profiler back to persistence

moving profiler to commons

minor

adapted tcs rdf and xml import, using apache jena for rdf import
tcs import for caryophylales
minor

Added a classification selector view for vaadin client.

fix Specimen import test

Added null checks for comparator

Ignore new Specimen Test as it fails to run in suite

remove warn logging form media data

 - fixed multiple creation of subspecies nodes

HandlingCdmEntitiesTest.java / HandlingCdmEntitiesTest.xml : Added new test to describe save, update, merge of cdm entities (mimicking remoting)
cdmlib-remote-servlet.xml : added commented option to expose remoting
CdmIntegrationTest.java : added comment on how to disable transactional behaviour in tests

 - fixed the unnecessary creation of multiple references and taxon nodes in ABCD import
 - added new ABCD import test

 -added CleanSweepInsertLoadStrategy to fix failing test

 - refactored data structure for taxon identifications in ABCD import
   - trimming scientific names avoids creation of multiple taxa/taxon nodes
 - added check for number of taxon nodes to test

 - cleaned up code

 - fixed typo

fix delete taxon nodes with children

 - added resetFields() method to avoid NonUniqueObjectExceptions

bugfix for null rank in #4374

update javadoc for OrderedTermBase.compareTo

minor javadoc

remove generics

compare classes instead of voc

add override

generics

typos

overwrite the performCompareTo method in PresenceAbsenceTermBase for a comparison of presence and absence terms (presence terms are sorted before absence terms)

handle null name

 - removed @Cascade for country in GatheringEvent because DefinedTerms should not be cascaded
 - added new service method to occurence service to find all CDM entities that are not saved via cascading
 - added tests for new method
 - added test for concurrent session saving of terms
 - made use of method for specimen import via DataImportView

typos

typos

typos

typos

typos

typos

 - temporarily disabled test

 - used utility method for modifier

 - replaced save() with saveOrUpdate()

 - adpated test to model changes (cascading)

 - added cascading to setOfReferences in DeterminationEvent

 - changed from MySql to H2

 - added test for saving non-cascaded CDM entities

 - fixed possible NPE

 - adapted some save method to allow transient services (#3726)

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3.7

added FEATURE_STORE to be compliant with XML-IMPORT for cdmlib-app

reverting hack related to #4368 (caching api causes bug in Rank.getAbbreviation())

updating TODO

added check for null cdm entity when putting default terms in cache

added possiblity to initialise some specific terms (like default language) which could be called outside a session

some generics

minor

 - fixed parsing of elevation in GBIF response

refactoring taxon controllers, reducing code duplication

fixing prefer specific distributions for  #3904 (EuroMed: Implement filtering rules for Distributions), status=null was ereoneously preferred

solving  #4294 (order of map legend entries conforms to term order)

first attempt to fix #4294 (order of map legend entries conforms to term order)

adding @Transient to new API methods introduced for #3327 (better API for OrderedTermBase and OrderedTermVocabulary)

minor

minor

remove potential NPE in CdmDataSourceBase

fix the test

isDeletable ignores relations of identifiableEntity

 - generalized simple user interface to add media (#3339)

 - assured image order for images from image galleries #3242