factory method for IndividualAssociation

add getTaxon in BerlinModelImportBase

minor

Cascade saveUpdate from Sequence to GenBankAccession

Cascade saveUpdate from DNASample to Sequence

factory method for molecular.GenBankAccession

factory method for molecular.Locus (update Test)

#3324:
 - re-formatted code
 - extracted strings to global constants
 - cleaned up comments

factory method for molecular.Locus

Factory method for molecular.Sequence

#3279:
 - fixed test by using BlankDataSet.xml to use a clean data base for the test (accidentally removed before)

#3279:
 - initially try to parse the scientific name before checking the atomised data
 - changed expected value to 11 since for every unit (10) the species name is imported PLUS the genus
 - added a comment to unitils file

added classification to initialization startegy

added accepted name search web service endpoint

new dto for accepted namesearch endpoint in the name catalogue controller

fixing lazy loading exception

configuring the .cdmLibrary folder in a central place, see #2387

removing property from launcher

web application properties for cdmlib-remote can now be defined in a per user properties file: ~/.cdmLibrary/cdmlib-remote.properties

Refactored processing for Term Representation label into a separate class.

service method to list Classifications for taxonBase

moved this controller to .. remote.controller.dto package

Added new package for Controllers that return DTO's

Made Xpath for selecting features from descriptions more specific so that only the feature associated with a particular Taxon is selected. Fix IndexOutOfBounds exception for parsing date string.

Removed unused method.

Null check to prevent NullPointerException when request is null.

server side implementation for #3305 (Collect images via taxon relations)

avoiding sql exception

fixed semantics-changing typo

fixing another problem of ABCD import

removing outdated lines

bringing application context files up to date - fixes missing DTYPE field probelm

whitespace

option to start h2 monitoring application

spy6 config for io

adding spy6 logfile to ignores

Added metaDef mapping for NomenclaturalStatus

minor

Remove not public classes in merge and match strategies

remove exception from UpdataleRoutingDatasource which is not compatibel with parent class in Java 6

whitespace

a little bit documentation

fixing initializazion strategy for #3182 (roteliste: categorical data does not show up)

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.1.3

#3279:
 - corrected comment of properties file

*improved region filter

*organized imports

minor

Updated the documentation with an example of a full text search.

Added documentation for the search REST web services used in the ViBRANT project.

documentation for statistics service

put in the link for the statistics doc

Added DTO classes for returning a flat data structure for displaying each row of a Polytomous key in linked style.

another fix for #3234 (implement cdm service method to collect SpecimensAndObservations via taxon)

returning pager instead of list

organizing imports

fixing  #3268 (descriptions: double values should be formated)

it solves the missing-link between SpecimenObservation and the Taxon(Determinations) determinationEvent.setIdentifiedUnit(derivedUnitBase); was missing in the code

debug abcd import due to failed merge..

add missing Abcd class after merging branch and trunk

 merge new ABCD import into trunk cdmlib-io

 merge new ABCD import into trunk cdmlib-io

Deleted unused imports which let the build fail.

Work in Progress, basic region filter implemented yet

new Factory method for DeterminationEvent

minor

Filtered repeated description element text so that only unique text occurs in the output.

updated tests in accordance with update in the Polytomous Key Node numbering.

fixing first term titleCache bug created by #3148

Corrected node numbering to the parent due to the feature and question also connected to the parent.

fixing #3216 (specimens: type specimens should be displayed with type status)

minor

fixing bug causing StackOverflowExceptions

Added xpaths to display images.

removing init strategies which are replaces by MediaAutoInitializer

fixing MediaAutoInitializer & fixing bug in AbstractBeanInitializer

init strategy since MediaAutoInitializer not working as expected

introducting MediaAutoInitializer

StateData and States in web services

implementing full stack from IEventBaseDao to EventBaseController

corrected taxon initialization strategy for relationsFrom/ToTaxon

REST controller for /descriptionElement/{descriptionelement_uuid}

fixing initialization issue

initializing derivedFrom

display of determinations

whitespace

avoiding NPE

autoinitialization of termbase.references and point.exactlocation (indirectly)

*javadoc added

*impromevements of the UI but already deprecated since there is now a module for the webservice, which integrates this functionality directly into drupal with less code and etxra libraries

*Updated parameters for the new drupal frontend
*javadoc added

Fixed type designation for heterotypic synonyms.

reverting page but list r16817 , for compatibility with GBIF-D dataportals on production

deeper initialization of DerivationEvent

page but list

reverting: r16792 (merging of debugged ABCD import into the trunk)

Added Figures, legends, italics and mdash.

merging of debugged ABCD import into the trunk

create derived unit by derivedUnittype