Make InnoDB the default MySQL database system for CDM  #3371

include more auditing in schema update and refactor to better allow transaction support for schema updates

some javadoc and factory methods

minor changes, remove private methods

change table name Rights->RightsInfo  #2945

update Collection class

fix all compilation errors for app-import 3.3

fix all compilation errors for app-import 3.3

further compilation errors for app-import 3.3  (remaining only AlgaTerra DerivedUnitTypes)

fix compilation errors for eflora after upgrade to 3.3

merge trunk into cdm3.3 branch

update parent pom version 3.2.3 -> 3.2.4

update pom vesion 3.2.3 -> 3.2.4

minor

remove descriptionSeparated from FeatureTree #3678

serialUUID for DerivedUnit

javadoc

add kindOfUnit vocabularies to CDM and tests (update script still missing)  #3568

add kindOfUnit termType  #3568

replace specification by specialization

remove imports

remove commented elevation error

remove commented annotations

remove getCitation and IReferencedEntity from TaxonNameBase

some documentation

fix failing tests for linkbackUri (#3345 and #3374)

final adaptations for Annotation.linkbackUri #3374 and #3345

minor

base implementation for integration of original spelling in name cache strategy  #2874

No idea why the data was updated automatically, but commit this as all tests run, we may revert this change if necessary

fix failing test lucene indexing test in TaxonNodeServiceImplTest

minor cleanup

bugfix for failing TaxonNodeService test

minor

bugfix for failing TaxonNodeService test

change loglevel of TransmissionEngineDistribution

adapt test data for failing test

bugfix for preserved specimen

Schema update for referenceType persistence #2615

log text for enum exceptions

update SpecimenOrObservationTypes

update script for recordBasis

 - changed "not null" property for "kindOfUni" to false

 - fixed case of table name "Representation"

some fixes for modell change branche

TitleCacheLength updater  #1592

generics

fix null rank bug

data update for abbrevTitle #1551

Bugfix for article cache strategy

some bugfixes and persistence implementation for abbrev title in reference

first version of abbreviated title cache generation for references : #1551

remove not needed datasource tests

make saveOrUpdateEntityListner compile with maven

minor

implement tree index update

update script for tree indices (#2947)

small change in functional testing

minor cleanup

minor

minor

cleanup blank abbrevLabels

latest changes to Schema updater and handling of blank abbrevLabels

Update script for termtype and some other, remove InstitutionType and COntinent, update idInVocabulary, ...

use new instance method and some other minor changes

minor

use new instance method

schema updater for rankClass values and cleaning up

fix test schema for cloning

replace asserts

minor

minor

set termType term updater to literals

schemaupdater for termType

validate termType not null and some minor changes

set termType when loading terms

readCsv Class changed

fix NameFeatures csv

update update script such that no validation errors exist anymore

change some names in molecular and update the update script

merge trunk to branch cdm-3.3

merge trunk to cdm-3.3 branch

reintegrate branch from patricia (debug userinteraction) into trunk

minor

#3626 (description feature and it's children missing in Flora Malesiana)

some changes to the update script

set max length for idInVocabulary

use strings for recordBasis (#2615 und #3544)

use strings for rankClass (#2615 und #3544)

use strings for sourcetypes (#2615 und #3544)

use strings for termtypes (#2615 und #3544)

fix characters problem in KeyImport

fix characters problem in KeyImport

allow taxon status 5 for occurrences in BM import

change on logging, try find error for stracktrace handling

change on logging, try find error for stracktrace handling

merging trunk to pesiimport3

VocabularyServiceImpl.java, TermVocabularyDaoImpl.java, IVocabularyService.java, ITermVocabularyDao.java : added method (findByTermType) to find all vocabularies related to a particular term type.
TermType.java : Added method (getEmptyDefinedTermBase) to return DefinedTermBase object corresponding to the (this) TermType.
AnnotatableEntity.java : Initialising set annotations on declaration to avoid hibernate 'delete-all-orphan' error

change on logging, try find error for stracktrace handling

merging trunk to pesiimport3