merged trunk into branch

cleaned package cdmlib-remote-webapp

cleaned Vaadin Data...to generate these you have to run mvn vaadin:compile in package cdmlib-remote

Update Widgetset docu

Changes DefaultView text

*creating package UISet
*created package disabled
*created defaultView

adaption and fixes in cdmlib-remote for #3977 (allow defining the MarkerType to filter out excluded NamedAreas from distributions)

removing obsolte REST endpoint /term/tdwg/*

code cosmetics

comments towards refactoring IService.list()

add stepName

minor

correcting documentation and adapting test -  #3904 (EuroMed: Implement filtering rules for Distributions)

reintegrate branch patricia

changes during restructering the vaadin package

demoExport

restructering vaadin package -- new view

corecting documentation, removing obsolete rule and adapting test accordingly -  #3904 (EuroMed: Implement filtering rules for Distributions)

implementing test for #3904 (EuroMed: Implement filtering rules for Distributions) and a little bugfix

performance fix for TaxonController.getMedia() - no longer always loading all the taxon relations, speedup by 0,66

fixing #3974: NPE in  MediaController.doGetMediaMetaData()

comment

documentation on the TransmissionEngineDistribution REST service

documentation on the TransmissionEngineDistribution REST service

try to fix ConcurrentModification Exception in removeNameRelationshipByDeleteConfig

making boolean methods in TaggedText all Transient  #3991

restructering packet for reintegration
*fixed save error which seems to occur totally radomly
*fixed vaadin:compile error
*fixed build path in pom file

fixing hibernate search annotation

TODO comment

fixing versions numbers, setting them to 3.3.1-SNAPSHOT

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.3

adapting method to new classification structure

adapting method to new classification structure

adapting method to new classification structure

adapting method to new classification structure

adapting method to new classification structure

fix stupid bug in SimpleSchemaUpdater

fixing problems related to new taxon node structure

handling of maxId of TaxonNode for empty databases

remove some TODOs

adding element to init strategy for classification children

doc

remove publish marker from synonyms   #3883

removed tissue as kindOfUnit

update vocabulary titleCaches, untested  #3708

remove uri from feature tree  #3519

update test scripts for unknownData flag #2975

add unknownData to structured descriptive data  #2975

add unknownData to structured descriptive data  #2975

fix boolean value bug for Postgres and maybe H2

schema update to 3.3.1

synchronize test datastructure

minor

fix taxon service search test

fix taxon service search test

fixing 2 tests for the new classification structure

Fixing some test for new Classification structure in cdmlib-model

rootNode adaption for classification

 - made default constructor public to avoid an InstantiationException (see https://stackoverflow.com/questions/7273125/hibernate-envers-and-javassist-enhancement-failed-exception)

#3948 first step, if a taxon is used in a polytomous key, the taxonNode will be deleted, but the taxon will not be removed.

again bugfix for DNA URLs

NPE bugfix in Specimen import

fix bug for getBoldUri

revert boolean to non ''. Still needs more work for PostgreSQL

camelCase issues #3682 (tested with old campanula database)

changes java doc comment

remove some javadoc

Datasource changes

merge pom

changes for update postgres databases

remove alias for GatheringEvent Update

add Case handling for update scripts #3682

Merge with trunk

added delete function for example data...

add Salvador markers to BM import

added a test for removeTaxonBase in testChangeSynonymToRelatedTaxon()

CdmUpdater H2 compatibel (still needs to be tested)

CdmUpdater H2 compatibel (still needs to be tested)

update javadoc and override

add find(Class, id) to common service

remove test method call

Bug fix for DnaSample record basis

minor changes (remove logging of missing classification)

implementing third rule for #3904 (EuroMed: Implement filtering rules for Distributions)

fixing lazy init exception

fixing init strategy

removing @Override for compatibility with java 1.6

fixing return type of getParentLoger method in CdmDataSourceBase for java 1.7

 - fixed mvn compile error with using java.util.logging.Logger

add FullCoverageDataGenerator

javadoc corrections

change exception handling and add method to be compliant with Java 7.x and JDBC 4.1

fix unhandled filePath for H2 databases

minor

Clean Up of prototype and added some documentation...