lucene search: fixing grouping problem and basic indexing of term hierachies

reenabling some lines of code

first working implementation of the Occurrence freetext search with spatial search

using NumericField and spatial type for search field

name-catalogue-accepted : added apt doc for accepted name search endpoint
name-catalogue-fuzzy : added apt doc for fuzzy name search endpoint
name-catalogue-taxon : updated apt doc with source and taxonomic scrutiny info
rest-api-name-catalogue : added links to newly created apt docs

added boundary check on accuracy

Added template for creating Reference list from citation nodes and nomenclaturalReference nodes.

NameCatalogueController : added 'fuzzy' endpoint to perform fuzzy matching on names
NameSearch : updated NameSearch dto to include similarity score

added NONVIRALNAME to enum for fuzzy search

INameService : added findByNameFuzzySearch method to search names by fuzzy matching
NameServiceImpl : implemented findByNameFuzzySearch and helper methods
LuceneSearch : added new simple (TopDocs based) executeSearch method
ISearchResultBuilder : added createResultSet method for generating a result set for TopDocs
SearchResultBuilder : implmented createResultSet method

Added 'redict' endpoint to recreate dictionaries

Added Creation of dictionaries within the mass indexer

minor

make sessionFactory private

minor

minor

also preferring computed distributions in getOrderedDistributions()

fixed the 'italic problem

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

minor

remove imports

gallery works with gallery parser function, but there could be some improvements, also i found the replacement of the italic tag seems not to work proper

avoid duplicates in derived unit media list

change method name

minor

adding missing logger

update ReferenceFactory method, remove instantiation

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

update ReferenceFactory method

minor

BaseListController: paging as default with full support for all parameters

image galery works but looks really ugly with really long captions

Added template for keys.

add subdivisions for volumes in reference parser

added TaxonNameBase to the mass indexer list

formatting pom.xml

adding xom dependency again since it is required by jsonview in xml mode

removing dependency to xom

move ProfilerController to cdmlib-persistence-test

move ProfilerController to cdmlib-persistence-test

fixing test problem and reenabling tests

moving class to test to fix depencency problem

fixing file naming and ignoring tests

minor

do some more version management for commons-logging and jboss-logging

renaming methods and some documentation

marker.markerType always initialized and serialized

filtering descriptionElements by computed marker

filtering descriptionElements by computed marker

@Override and comments

removing obsoltete methods and cleaning up

adding generics and fixing deprecation

removing profiling code

Solving all outOfHeap problems

Solving outOfHeap problem only without freetext indexing

TODOs

missing @Overrides

yourkit profiler dependencies with scope test

solving minor merge problem

Improvements to TransmissionEngineDistribution, basic monitoring added and new service and dao methods for pageRankSpecificRootNodes()

@Override

adding missing @Override

adding missing @Override

renaming TransmissionEngineOccurrence to TransmissionEngineDistribution

cleaning up

using RedirectView instead of response.sendError to avoid IllegalStateException: STREAM

@Override

reloading areas and some doc

remove dependencies from cdmlib-remote-webapp that already exist in cdmlib-remote

remove commented dependencies from cdmlib-remote

add management for commons-codec version