Add series parsing with letters (test)

add parsing of brackets with "&"

Add series parsing with letters

add regEx negation to UTF8

fix parser test

some improvements to NonViralNameParser

cleanup

ref #7429  fix order in "publ." parsing and implement for nom. ref. parser

cleanup

ref #7884 ref #7890 fixing NPE in name controllers

ref #7884 ref #7890 fixing LIE in name controllers regarding name relations

fix #7874 updating also the nomenclaturalTitle in updateTitleCacheForSingleEntity()

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/5.4.0'

updating poms for branch'release/5.4.0' with non-snapshot versions

updating poms for 5.5.0-SNAPSHOT development

cleanup

ref #7283 fix NPE in AlternativeIdentifier constructor if no type is given

#7859 reverted max size for Pref.value. Test failed, need to check why we have the test.

#7859 Changed length to 2000. Still need update script

cleanup

#7849 set allow override to true as default in cdmlib CdmPreference

ref #7831 using uuids in findTaxonNameParts() methods as name exclude filter - NPE fix

ref #7831 using uuids in findTaxonNameParts() methods as name exclude filter

ref #7791 adding rank order index to TaxonGraphNodeDTO

ref #7834 bugfix: returning empty page when no name matches

ref #7834 avoiding NPE in case of names which are not in the graph

fix #7779 fixing missing file extension in StaticSwaggerApiDoc controller

fix #7779 adapting the creation delivery of the static swagger doc to version 2.6.1

ref #7345: rename cdmPreference for common name marker

ref #7793: add preferencePredicate for disable multiple classifications

ref #7770 fixing layout issue and menu items active state and updating diffs

 #7770 documenting springfox-swagger-ui update process

ref #7779 applying Cdm specific changes to springfox-ui:
    - preserving the modified index.hml as index-last.html
    - creatng diffs with the changes applied last time
    - applying cdm changes to springfox.js and index.html

ref #7779 upgrading springfox-swagger-ui to 2.6.1 and preserving the modified springfox.js as springfox-last.js

ref #7779 upgrading springfox-swagger-ui to 2.6.1 and preserving the modified springfox.js as springfox-last.js

fix #7834 findInTaxonGraph implemented for Registrations with RegistrationDTOController endpoint

fix problems for taxEditor preferences

ref #7345: add preferencePredicate for commonname references

restructure preference predicates and add newTaxeditorInstance to cdmPreference

ref #7831 adding name exlude filter to TaxonNamePartsFilter

Add tax editor preferences utilities

ref #7648 fixing bugs related to single taxa per graph and updating rels from lower ranks, with testcase

ref #7791 adding CORS headers to TaxonGraphService method

ref #7829 ref #7800 remove nomenclaturallyRelevant from Reference matching as it is not used at all

ref #7800  add specific subclass matching to matching strategies

cleanup

code cleaning

ref #7283: add service method to search for identifier and titleCache

ref #7589 Fix transactional annotations

ref #7589 Remove auto creation of default description

ref #7589 Move long running task to corresponding service

 - this solves the deadlocks when opening the matrix editor

fix #7785 CdmUserHelper can use ICdmEntityUuidCacher to avoid loading entities from the db for permission checks:
    - inner class CachingCdmUserHelper to be used when CdmUserHelper.withCache() is called
    - ICdmEntityUuidCacher and CdmTransientEntityAndUuidCacher complements the CdmTransientEntityCacher by the ability to get CDM entities from the cache by the UUID

ref #7801 unify cache initialization in deduplicationHelper

cleanup

ref #7799 compute author caches in deduplicationHelper

ref #7648 avoiding NPE during equality check in TaxonGraphBeforeTransactionCompleteProcess

ref #7648 adding links to the ticket as preliminary rudimentary documentation

ref #7709 fixing missing runAsAuthenticator for RunAsAdmin, TaxonGraphHibernateListener and test

ref #7709 adding missing @CdmHibernateListener config annotation to allow activating the TaxonGraphHibernateListener bean

ref #7709 adding REGISTRATION to ClearDBDataSet.xml to solve test problems

removing useless annotation

ref #7793: add preferencePredicates for taxeditor

cleanup

ref #7709 JUnit testsuite to reproduce the test failure when running RegistrationIdentifierMinterTest and TaxonGraphHibernateListenerTest sequentially

cleanup

Change system.out to log.info()

ref #7648 free configurable TaxonGraphHibernateListener ready

ref #7648 moving TaxonGraphHibernateListener and related classes into cdmlib-service

ref #7648 TaxonGraphHibernateListener as Spring bean configured via the CdmHibernateListenerConfiguration

fixing usage of wrong logger in RunAsAuthenticator

sanitizing contoller method doGetIncludedTaxa

ref #7793: preferencePredicate for mediaview and checklist perspective

ref #7799 handle initials for teamOrPerson.getFullTitle

ref #7799 handle protected titlecache for teamOrPerson.getFullTitle

cleanup

add new preferencePredicates

commenting createTestDataSet() @Test annotation

ref #7648 automatic management of lower ranked names in the taxon graph

Merge branch 'feature/#7648' into develop
 - TaxonGraphDao
 - TaxonGraphController
 - TaxonGraphService
 - TaxonGraphDTO
 - TaxonGraphHibernateListener and processor
 - tests

ref #7648 fixing problems in TaxonGraphTest

ref #7791 TaxonGraphDao supressing Names associated with Registrations where the status is not PUBLISHED

ref #7648 moving taxongraph methods from taxonDao to taxonGraphDao

ref #7791 TaxonGraphNodeDTO with rank labels

ref #7648 more pulling up into AbstractHibernateTaxonGraphProcessor

ref #7648 common base class AbstractHibernateTaxonGraphProcessor to deduplicate TaxonGraph methods

ref #7648 allowing to set the TaxonGraphHibernateListener inactive  - only for test environments

ref #7648 allowing to set the TaxonGraphHibernateListener inactive  - only for test environments

ref #7648  solving session corruption problems in test suite for TaxonGraphHibernateListenerTest

ref #7648 fixing inconsistency in test data and improving logging

ref #7791 using name.titleCache as title for TaxonGraphNodeDTO

adapt CdmPermissionClass

cleanup

ref #7791 TaxonGraphService and TaxonGraphController implemented

ref #7648 correct handling existing taxa without secReference

ref #7648 introducing CdmPreferenceLookup for cached access to the CdmProperty with predicate 'TaxonGraphSecRefUuid' and others
  - using this Preference in TaxonGraphDaoHibernateImpl and TaxonGraphBeforeTransactionCompleteProcess
  - adapting tests accordingly
  - deprecating secRefUUID setters
  - cleaning up

ref #7648 cleaning up and attempting to fix TaxonGraphService test setup

ref #7648 all TaxonGraph updating done in a BeforeTransactionCompletionProcess implementation - TaxonGraphHibernateListener is working now