minor

fixing merge conflict

minor

minor

minor

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.11.0'

updating poms for branch'release/3.11.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.12.0-SNAPSHOT development

#5259 Add method to init defaul terms

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.10.0'

updating poms for branch'release/3.10.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.11.0-SNAPSHOT development

remove ignore from IPNI test

Ignore Ipni test preliminary

#5249 Correct if statements

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.9.0'

updating poms for branch'release/3.9.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.10.0-SNAPSHOT development

Preliminary ignore IPNI test

#5223 Copy utility method from service to derived unit

Deprecate getCharacterData method in service layer

Implement hasCharacterData and isCharacterData.
And fix characterData semantics.

move specimen.getCharacterData to model

Add taxon to updated objects when taxon is not to be deleted

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/3.8.0'

updating poms for branch'release/3.8.0' with non-snapshot versions

updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development

minor

Revert "updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development"

This reverts commit 1a052a9893afe93249cf81603f410a4e454c305a.

updating poms for 3.9.0-SNAPSHOT development

fixing move Accepted taxon to synonym

clean up taxon cache strategy

Document new initListener method (#5161)

#5234 Add required updated taxon nodes

Simplify getNameTags in Taxon cache strategy (#5229)

Create new tag type for secundum reference (#5229)

Allow retrieving objects via ICommonService and UUID (#5160)

#3991 hiding the delegeate boolean properties in TaggedText by making them protected

#5229 avoiding LIE by autoinitializing the taggedTitle for TaxonBase

#5229 implementing output of TaxonBase.getTaggedTitle in web services
    - turning the TaxonBeanProcessor into TaxonBaseBeanProcessor
    - adding taggedTitle to the taxon instances returned by the portal service

bug fixes regarding performacne measuring

more detailed measuring time of accumulation in TransmissionEngineDistribution for performance testing

measuring time of accumulation in TransmissionEngineDistribution for performance testing

adding more test cases for ClassificationService
  - testTaxonNodeByNameComparator now with hybrid name
  - testlistRankSpecificRootNodes better testing of pager

using UNKNOWN_RANK as default lowerRank in transmission engine

simplifying test code

Deproxy name in taxon cache strategy.

Fix tagged title generation for taxa

Implement taggedTitle for taxon base #5229

#5220 Enable transactional write to delete method

#5224 Add new change synonym to acc. taxon method

#5213 Add method to move descriptions using uuids as args

Add annotation service to application config

Update test database schema to allow null for consensus sequence

Update test database schema to allow null for consensus sequence

Set sequence to null when removing a single read #5200

Add primer / amplification service to remoting

Allow authenticated access for users with all roles

#5019 Set correct updated objects

#5138, #5102 Fix cascade delete orphan error for address list in contact entity

Make default constructor public for bean loading

Correct delete behaviour

#5187 Add move methods with uuids as args

Correct setting of status when moving derivates

Make new move method write on commit

Revert back move method with entities as arguments

#5188 Fix issues with deleting specimens , sequences, single reads

adapting test to modified test data

fixing broken pager mechanism for listRankSpecificRootNodes() and improving test coverage

removing System.out.println

#5177 out-commented code snipped to enable sql logging for performance debugging

typo in comment

set the test to ignore, because the funcionality is not implemented yet.

revert the local changes

minor

Enhance ABCD import report

adding a convertmergeStrategy because of a different handling of merge and convert

changes for tcs import, fixing taxonnodecomparator, polytomouskey deletion and converting from person to team and team to person

adding a ConvertMergeStrategy

Merge branch 'develop' into abcd

#5040 - adding parameters to transmission engine webservice to set targetAreaLevel, lowerRank & upperRank

Add test for non-parsabel taxon name

Refine rank parsing

 - if rank cannot be parsed the taxon will be created as is with a
single taxon node without any parent taxon node but the classification
itself
 - some code refactoring
 - avoid NPEs

#5112 - hiding fall back areas from the hierachchic distribution representation

Add new test for name parsing

Increase reference titlecache in test DBs

#5070 - adding missing part in init stategy for second level derivatives

Replace load with findByUuid for delete with uuid(s) as argument.