activating the swagger rest service documentation by reverting the revertion of the premature committed experimental branch (swagger) svn: r21387, git: be528c1edf

updating documnetation

 - fixed potential NPE

 - added option to specify a URI for the import report to write it to a file

 - add taxon name instead of taxon for determination
 - refactored taxon search
  - 1. search for taxon name (create if not found)
  - 2. search with taxon name for taxon (create if not found)
 - added basic reporting functionality to import

 - fixed typo

fix NPE in findByIdentifier controller method

missing persistence changes for findByIdentifier

 - added two methods to find/create names and taxa
 - fixed double creation of sub species

 - added "else if" to avoid unnecessary checking

fix findByIdentifier failing test

latest changes for findByIdentifier service

change methodName fix for findByIdentier service

 - increased code readability

improve and rename findByIdentifier service

fix MatchMode.prepend bug

 - added parameter for each deduplication (references, classifications)

 - added ABCD import paramater "skipDeduplication"

 - avoid duplicating the default "ABCD classic" reference for every single imported unit

removed vaadin webapp dirs

removed vaadin references

removed references to vaadin and updated servlet scope to provided

pom.xml : added maven dependency goal to unpack the corresponding cdm-vaadin war into a directory in the target dir and added this directory as a resource when building the cdmlib-remote-webapp war
pom.xml, applicationContext.xml, cdmlib-remote-servlet.xml, web.xml, SpringMVCConfig.java : removed references to Vaadin
jetty.xml : changed configuration to be compatible with jetty 9
cdmlib-remote-servlet : added profile to switch on / off remoting depending on vm argument
src/main/webapp/VAADIN : removed vaadin webapp dir

removed references to vaadin in pom file
removed vaadin classes as they have been migrated to cdm-vaadin project

remove some javadocs

 - added gathering date and elevation to ABCD import

 - use classification uuid to load classification if it exists in the data source

 - cleaned up code

 - refactored getFieldUnits()

 - added null check and host check to avoid exceptions (fixes #4587)

add transactional to listByIdentifier service

fixed required parameter setting

Implemented REST Controller for listByIdentifier service method

remove imports

minor

switch on IPNI tests

switch off validation

adding ISelfDescriptive from validation branch

rename abstract class

rename abstract class

merge cdmlib-persistence from validation branch to trunk

merge cdmlib-service from validation branch to trunk

merge cdmlib-remote from validation branch to trunk

merge cdmlib-print from validation branch to trunk

merge cdmlib-io from validation branch to trunk

merge cdmlib-ext from validation branch to trunk

merge cdmlib-commons from validatioin to branch

remove imports

correct logger info

VocEnum

minor

first tests for listByIdentifier

remove imports

factory method for Identifier Type

labels for some TermTypes

first untested version for findByIdentifier  #4594

update javadoc and Override in IdentifiableServiceBase

avoid NPE in ImageInfo loading #4587

minor

add getter and setter for reverse complement

minor

add xslx test in io

minor

 - added comment

 - fixed deep delete recursion bug
 - fixed tests

 - extracted deepDelete tests to own java class
 - reduced exception logged in DeleteResult

disabling dependencyLocationsEnabled option of the maven-project-info-reports-plugin to speed up site building

refactor validation classes

minor

site-delpoy chmod = false

add original label info to specimen facade  #4218, #4565

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.4.0

 - fully implemented deep delete (child derivates)
 - added tests

minor

add username, groupname and GrantedAuthority deduplication #4102

turning java code level back to 1.6 to investigate existing problems

more logging output

typo

add poi-ooxml and upgrade to 3.10-FINAL

minor

javadoc for Amplification and AmplificationResult

minor

added unit test for derived unit facade with parent but no field unit #4532

 - implemented isDeletable() and delete()
 - fixed test XML files and tests

fix Occurrence test

 - added isDeleteMolecularData flag to configurator

 - use labelCache instead of description for amplification labeling

 - change visibility of createTestDataSet to public

 - change visibility of createTestDataSet to public

test for Amplification labelCache

 - organized imports

implement Amplification.labelCache generation

 - added cascade saving for amplification result
 - made constructor protected to avoid JavaAssistEnhancementException

doc

handle duplicates in identifier list

minor

updated webapp h2 test database

minor