conflict resolved

NameCatalogueController : corrected apt transformation to html.
HtmlView : added possibility for the input map to contain a complete html page

added hard coded examples to each documentation page

removing @Override from interface implementations

fixing #3058 (hibernate search: not all description elements found) by padding all id fields in lucene

- removed /{datasource} from web service urls, since they are not required anymore
- updated name_catalogue documentation with Andreas' comments

made 'getRelatedFrom()' and 'getRelatedTo()' for use in NameCatalogueController

added name and rank in taxon web service response

fix #3046, order for taxa with 1 taxon having a nom.status.

fix #3046, order for taxa with 1 taxon having a nom.status.

fix NPE for NomStatus which has no type in TaxonComparator

reading apt file using input stream instead of file as this works also within jars

added apt conversion method for input stream

corrected copy resources task. now using copy-resources goal which does not interfere with the default resource copy.

remove 001_cdm.hsqldb.ddl in io layer as we do use H2 for tests now. Keeping both requires overhead in maintaining.

remove 001_cdm.hsqldb.ddl in ext layer as we do use H2 for tests now. Keeping both requires overhead in maintaining.

remove 001_cdm.hsqldb.ddl in service layer as we do use H2 for tests now. Keeping both requires overhead in maintaining.

remove 001_cdm.hsqldb.ddl as we do use H2 for tests now. Keeping both requires overhead in maintaining.

resources to be made accessible to classes (trying again to commit)

xml files from "./src/main/resources/eu/etaxonomy/cdm" need to be accessible to the classes, so added resources section in build.

remove other cdmlib dependencies then io, and remove build for apt

remove dependency to cdmlib-commons to check if this fixes failing tests, partly revert for r15808

added apt file for name catalogue web services
added 'name catalogue' apt as sub item to the REST API item.

NameCatalogueController.java :
- added endpoints which return documentation
- imporoved javadoc

pom.xml :
- added dependency to cdmlib-commons due to usage of cdmlib-commons/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/common/DocUtils.java

added doxia-module dependencies for apt parsing

added subdirectory for cdmlib remote endpoint documentation
added apt files for the name catalogue web service documentation

The utility class which provides methods relating to documentation.

update postgresql driver to version 9.1

jsonp redirects to progress monitor working behind reverse proxy

finally fixing bug in MediaUtils

solving git-svn branch and merge problems

fixing bug in getMediaForTaxon() & whitespace

reverting preliminar commits on security and permissions r15723 r15724

preliminar commit on security and permissions

preliminar commit on security and permissions

prevent media from being corrupted - fixing bugs in test and utils class

MediaUtils.findPreferredMedia() returns Map<Media, MediaRepresentation>

code cleaning

prevent media from being corrupted - fixing bugs in test and utils class

bugfix for countTaxonDescriptionMedia

add TaxonDescriptionMedia methods to description service

add methods for list/countTaxonDescriptionMedia

minor

refactoring listTaxonDescriptionMedia into ITaxonService

prevent media from being corrupted

fixing URL path problems in ProgressMonitorController

modifications for Ajax rest service monitor

minor

minor

[maven-release-plugin] prepare for next development iteration

[maven-release-plugin] prepare release cdmlib-parent-3.0.12

fixing RequestMapping of controller

monitoring rest service initiated long term processes implemented

MassIndexer progress monitor enabled

preliminar .gitignore

#2961 (test for highlighting multiple words as phrase FAILS)

fix encoding problem

fix bug in point tertier caching #2962

fix bug in point tertier caching #2962

ignoring failing test since ticket has been created

improving search syntax robustness

test for highlighting multiple words in OR and AND combination also as Phrase - FAILS with phrase

test for searching multiple words in OR and AND combination also as Phrase

deleting empty folder

fixing hibernate_sequences

fixing #2306 (holotype is only displayed as type)

solving #2958 (rename and move TaxonServiceConfigurator)

minor

implementing filter by feature for #2942 (implement search frontend for findTaxonByDescriptionElementFullText)

typo

add chromosome number to test terms in io  #2952

generalize initialization of Singleattribute mappers in reference import

add transaction management to marker mapper

remove "NEW" comment

change uuid for new chromosome number representation in tests

add chromosome number to test terms

remove unnecessary failing import

reducing default fragment number for nicer search results

adding lucene highlight

 score display for #2942 (implement search frontend for findTaxonByDescriptionElementFullText) and fixing some issues

cdmlib related part for fixing #2931 (Free text search - hit highlighting implemented), also some code reorganization

minor

fully remove cdmlib-service test terms

tmp

don't use term copy for service test terms anymore. Use persistence terms directly instead

change service test terms to use same terms as in persistence

change service test terms to use same terms as in persistence

fix for strange cast in TeamMapper

- updated name search web service to change 'taxonUuids' to 'taxonConceptUuids' and added a new accepted taxon uuid list called 'acceptedTaxonUuids' which contains the accepted taxon uuids of the taxon uuids in the 'taxonConceptUuids' list.
- added 'classification' parameter to the taxon web service to choose which classification is tob returned.
- updated classification data in response of taxon query to be a simple classification map in the case of 'defaualt' or single choice and to a map of maps (checklist id to classification map) in the case of 'all'.

minor

minor

minor

ordering of taxa solved, belongs to #2942 (implement search frontend for findTaxonByDescriptionElementFullText)

pushing  clearAuthentication up to CdmTransactionalIntegrationTest

remove debugging code

maybe workaround bugfix for failing Taxon import test with description feature

maybe fixing compile error in suite class

commit debug code for test not running in jenkins

resolve conflict

minor