merge-update from trunk

final version of FullCoverageDataGenerator for v3.3

fix NOMECLATURAL_REFERENCES in Statistics controller

changed scope of main view

fix init problem for DnaSample

updated widgetset version number. increased Vaadin version number too.

minor

bugfix for clone and setDnaSample

remove debug

new NewInstance for TermVocabulary

latest updates to FullCoverageDataGenerator

 - adapted to cdm3.4 changes

merge-update from trunk

add a bit more bidirectionality to DnaSample/Sequence

return nameRelationship

preliminary remove data generator

preliminary remove data generator

improve FullCoverageDataGenerator

cascade SingleRead.materialOrMethod

allow saving FullDataGenerator data through API (preliminary)

minor

add validation framework classes  #4439

add purificationMethod to update script

further changes to  DnaQuality  #4434  and update script for ValidationFramework alpha version

fix methods for new TableCreator constructor

minor

latest changes for VaadinPrototype
* paged tables
* lazy loaded container
* crud functionality for distribution status
* classification selection view
* named area selection view

removed deprecated mortbay logger in MediaController not only because it is deprecated but also because of conflicts with vaadin framework

make primer.sequence a SequenceString  #4139

 - extended test

add indexed adder and remove method to identifier list

 - fixed service method and extended test

merge-update from trunk

add i18n description for Classification. #4428

Geo and time scope for Classifications  #3699

Geo and time scope for Classifications  #3699

first implementation for DnaQuality #4434

Make Contact URL an url  #3920

Make Contact URL an url  #3920

remove View class #4316  and update script for authorTeam rename #4432

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

minor

clean up Endnote import

adapt tests to missing Reference.series #4293  and not null constraint for test database ddl #4382

added NotNull constraints to User.username, Group.name, GrantedAuthorityImpl.authority  #4382

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

rename Reference.authorTeam -> authorship  #4432

adapt tests to missing Reference.series #4293

minor

remove series from Reference #4293

add IdentifierType Vocabulary

fix update script to run with MySQL, add TermType IdentifierType, add List index on identifiers

adapt tests to 3.4

merge trunk for pom.xml

minor

latest update script update

make Identifiers a List

merge-update from trunk

 - extended ABCD import test to check for AgentBase

 - added additional ABCD path to search for gathering agents

minor

adapt jena pom to work with parent version numbers

minor

Move jena version number to parent pom

replaced taxontree with classification for the rest api documentation

@Audited has to be added to the sourceType then the sourceType column of the OriginalSource_aud allows null values. (#4396)

merge-update from trunk

use an older version of jena because 2.12.0 needs java7

merge-update from trunk

 - re-enabled identifier set in IdentifiableEntity

 - fixed copy&paste error in Primer.change()

add serial version number

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

merge-update from trunk

the error in 2.12.0 pom of jena is fixed in 2.12.1 (https://issues.apache.org/jira/browse/JENA-790)

move the profiler back to persistence

moving profiler to commons

minor

adapted tcs rdf and xml import, using apache jena for rdf import
tcs import for caryophylales
minor

Added a classification selector view for vaadin client.