cleanup and stream API for ForSubtreeConfigurator

pretty print testSetSecundumForSubtree test data

ref #7450 implement interfaces and signatures for setPublishForSubtree for misapplications and ppSyns (not yet implemented)

minor

ref #7597 Add progress monitor to aggregation service call

ref #8365: fix NPE in abcd tests

use configurator for setPublish flag

ref #7450 revert the incorrect c&p from last commit

ref #7450 use PublishForSubtreeConfigurator in TaxonNodeService

cleanup

ref #8429 add SchemaUpdater_58_581 and implement update script for setOfReferences renaming

minor

Revert "minor - fix merge conflict"

This reverts commit fc3932ac4dd186b6f5809863356912f949ae202d.

minor - fix merge conflict

ref #8365 adding combination of collection code and unit number as specimenLabel to DerivedUnitFacade

ref #8422 dependency handling finalized in PolytomousKeyGenerator

minor

ref #8422 add dependencies to PolytomousKeyGenerator

ref #8422 fix reuse of feature if it shouldn't

ref #8385: fix TermOrder Enum

fix #8436 termTree/* services with termType filter and featureTree/* services restricted to feature trees only

ref #8437 using the listByRestriction method in favour of a new untested dao method & implementing page method in ITermTreeService

ref #8422 fix leaf handling and simplify and complete tests

ref #8422 handle single value branches better

cleanup

ref #8422 change sort order for multi-taxon or multi-state branches

ref #8434 removing deprecated featureNode/* web service mapping as this was never used since one year

ref #8422 some fixes for merging in PolytomousKeyGenerator

ref #8437 first implementation for listBy termType for TermTreeService, not yet tested

minor

minor toString changes

ref #8422 adding test for merge mode

minor

rename dependencies

ref #7597 Adapt to service changes and rename long running method

fix typo

ref #8435: differ between info and debug level

ref #8431: adaptions to show the export name in progress monitor

ref #7597 Aggregation for each taxon based on associated specimens

minor

ref #8422 fix scoring for categoricalData

minor

ref #8422 let PKGenerator only work on TaxonDescriptions for now

ref #8434 turing FeatureTree contollers into TermTree controllers

ref #8414 adding cycle detection to loadFieldUnitDTO()

fix #8299: add typification columns to scientific name table of cdm light

ref #8422 PolytomousKeyGenerator: improving sort order and fixing score for quantitative data, + further refactoring

fix #8426 fix IOOB Exception in RegistrationWorkingSet serialization

ref #8422 refactoring PKGenerator+test and minor fixes

ref #8414 renaming taxon/{uuid}/specimensOrObservationDTOs to  taxon/{uuid}/fieldUnitDTOs

ref #8390 uncommenting typeDesignationsInHomotypicalGroup service endpoints

first implementation of /portal/name/{uuuid}/typeDesignationsInHomotypicalGroup

ref #8414 refactoring OccurrenceController:
  - method to load a single FieldUnitDTO
  - adding all intermediate derivatives to the FieldUnitDTO
  - renaming service endpoint mapping to fieldUnitDTO
  - adding missing @Transactional annotations
  - Factory method in abstract DerivateDTO to construct specific subtype DTOs

Remove wildcard from generics

ref #8406 cleaning up occurrence controller code

fix PolytomousKeyGenerator (not yet ready)

add some factory methods

allow handle multiTaxon nodes in polytomousKey.print

fix asList(Recursive) methods

adapt DescriptiveDataSet to allow also descriptive systems with features not only characters

cleanup

add test to cdmlib-cache pom

ref #8238 Allow adding term subtypes to TermRelationBases

fix problem in CacheLoader

Revert "Revert "update cached model for schema version 5.8""

This reverts commit 6fbe8628082d5f62797062febd0921d93708c275.

Revert "update cached model for schema version 5.8"

This reverts commit 2be44701da8b296a6ac1008376bdda834b2ffd65.

minor

cleanup

cleanup

minor

minor

minor

minor

minor

cleanup TermTree.clone

cleanup, javadoc and test for notnull check for termtype in TermTree

ref #6794 rename other TermTree.NewInstance methods and set old version to deprecated

update javadoc for TermTree

(cherry picked from commit 14b218305dfe9023a44d8c7da6e33715a6ef4ba6)

ref #6794 rename TermTree.NewInstance and set old version to deprecated

(cherry picked from commit 08b758e2bfba66c82fbc5a636e455edcccb9fa11)

ref #8407

remove createDefaultFeatureTree from ITermTreeService

ref #6794 rename IFeatureTreeDao in ITermTreeDao

commenting doGetTypeDesignationsInHomotypicalGroup() methods which have been comitted too early

update cached model for schema version 5.8

cleanup

ref #8394 adding nameUUIDs to NameCatalogueController responses

ref #8394 adding nameUuid to NameCatalogueController responses

fix #8395 avoiding NPE in NameCatalogueController.getDatasetIdName()

update H2 test DB

ref #7470 update script correct keys for TextualTypeDesignation_LanguageString

ref #8404 further cleanup for stepList integration

ref #7470 add TextualTypeDesignation to FullCoverageDataGenerator and add Adder to TaxonName

ref #4884 allow null for Reference_AUD.refType

ref #4884 unify datatype handling in schema updaters

cleanup

ref #8404 Add update step list within updaters

#8398 add botanical codes prior to 1990

minor

ref #7334 remove TaxonBase.proParte and partial and ref #8398 add codeEditon to nomStatus and nameRelations

ref #6794 remove FeatureNodeService from BatchValidationUtil