#445: Added missing term vocabularies
#921: Added setDefaultTerms methods
Added inferred and potential combination synonym relationship types for Fauna Europaea

Endnote import update

Endnote import update

Generic SDD Import + simple HTML output of descriptions for one taxon or all taxa

Endnote import update

Update Endnote Import

Endnote import update

bugfix in Endnote import

Minor

Implemented Grouping Criteria method for ICdmEntityDao, including group by count and group by year / month / day for dateTime fields

minor

NormalExplicit renamed

minor

minor

new images and bugfixing for palmae import

minor

Update Endnote Import

Update Endnote Import

minor

additional specimen type status for TaxonX import

Cichorieae image import: Consider taxonomic tree if multiple taxa found for same taxon name

isosyntype added

minor

Update Endnote Import

minor

Update Endnote Import

new taxonx files

Update Endnote Import

finetuning match mechanism

Endnote import update

Endnote Import

Endnote test

Endnote test file

Endnote import

Test data for Excel import

Test data for Excel import

Missing import statement added

Test data for Excel import

Modification of building of SDD Representation element

Modification of the import of SDD Representation element after model changes (DefinedTermBase and Media becoming IdentifiableEntity)

Fixed JAXB test

Fix in JAXB annotations, typo

changes to TaxonX mods import and length of description

minor

increased length for LanguageString texts ->64K

minor

minor

bugfixes on cdm.dll in io layer

TaxonXNomenclatureImport adapted to new INameService

Impact of changes to the model: new classes for keys, DefinedTermBase and Media extends IdentifiableEntity

Changes on service layer tests and on ordering in TaxonServiceImpl.findTaxaAndNames()

ignore cacheStrategy == null on identifable entity

Deleting empty compareTo  methods from DefinedTerms

minor

Impact of model changes: keys, DefinedTermBase and Media extends IdentifiableEntity

last bugfixes for tests in persistence

further test bugfixes

further bugfixes on cdm.ddl test dbscript

bugfixes on cdm.ddl test dbscript

bugfixes on dataset.dtd

Changed memory size for surefire tests in parent pom to 512M

further ddl bugfixes

bugfix  in cdm.dll in persistence

minor

bug fixing in Test DataSet etc.

minor

Addition of tables corresponding to new objects WorkingSet, MultiAccessKey, PolytomousKey, renaming of IdentificationKey to MediaKey and addition of new attributes to FeatureNode

Addition of new FeatureNode attributes

protected title cache = false for test files in persistence

minor

changes to test dll in service layer

changes to test dll in persistence

bugfixes for mapping of model changes (JoinTable bug) - MediaKey

bug in last commit

bugfixes for mapping of model changes (JoinTable bug) - MultiAccessKey

bugfixes for mapping of model changes (JoinTable bug)

minor

minor

Removal of untyped expression

bugfixing for new model changes (comparable for OrderedTermBase and identifiableEntity)

minor

minor

Impact of new model changes: new classes and renaming

Created ICollectionService / CollectionServiceImpl

exposed free-text searching of Collection instances

CHANGES TO THE CDMLIB-MODEL: Media and DefinedTermBase become IdentifiableEntity, new classes to represent descriptive dataset and keys

1. Media extends IdentifiableEntity
- addition of a ComparableTo method
- deletion of the redundant attribute 'rights'

2. TermBase extends IdentifiableEntity

There was redundancy with 'implements Comparable<T>' in OrderedTermBase and 'implements Comparable<IdentifiableEntity>' in IdentifiableIdentity.

- I erased « implements Comparable<T> » dans OrderedTermBase
- I completed it with a 'ghost' method CompareTo(Object)

public int compareTo(Object o) {
return 0;
}

- I added the same 'ghost' CompareTo(Object) method to the following classes: BibtexEntryType, DerivationEventType, PreservationMethod, RightsTerm, NamedAreaType, ReferenceSystem, Feature, FeatureTree, MeasurementUnit, StatisticalMeasure, TextFormat, AnnotationType, ExtensionType, Language, MarkerType, TermVocabulary, InstitutionType

3. adding OnlyApplicableIf / InapplicableIf to FeatureNode

private Set<State> onlyApplicableIf = new HashSet<State>();
private Set<State> inapplicableIf = new HashSet<State>();

with the associated get, add, remove methods.

These attributes are not direct equivalent for onlyApplicableIf and inapplicableIf in SDD as they are attached directly to the child feature rather than the parent feature, which allow having different inapplicability rules for each child feature.

4. Creation of the WorkingSet class

public class WorkingSet<S extends DescriptionBase> extends AnnotatableEntity {
…
private Set<Representation> representations = new HashSet<Representation>();
...
private FeatureTree descriptiveSystem;
...
private Set<S> descriptions = new HashSet<S>();
…
}

5. Completion of IidentificationKey interface

public interface IIdentificationKey {
    public Set<NamedArea> getGeographicalScope();
    public void addGeographicalScope(NamedArea geographicalScope);
    public void removeGeographicalScope(NamedArea geographicalScope);
    public Set<Taxon> getTaxonomicScope();
    public void addTaxonomicScope(Taxon taxon);
    public void removeTaxonomicScope(Taxon taxon);
    public Set<Scope> getScopeRestrictions();
    public Set<Taxon> getCoveredTaxa();
    public void addCoveredTaxon(Taxon taxon);
    public void removeCoveredTaxon(Taxon taxon);
}

I removed 'representations' as MultiAccessKey and PolytomousKey inherit it from their hierarchy. I added it to MediaKey (former IdentificationKey) under the name of keyRepresentations in order not to mix with the media representations.

6. Modification of IdentificationKey in accordance (and renaming it to MediaKey with all the necessary modifications in concerned classes)
public class MediaKey extends Media implements IIdentificationKey{
…
private Set<Taxon> coveredTaxa = new HashSet<Taxon>();
…
private Set<NamedArea> geographicalScope = new HashSet<NamedArea>();
…
private Set<Taxon> taxonomicScope = new HashSet<Taxon>();
…
private Set<Scope> scopeRestrictions = new HashSet<Scope>();
…
private Set<Representation> keyRepresentations = new HashSet<Representation>();
…
}

7. Creation of the class MultiAccessKey

public class MultiAccessKey extends WorkingSet implements IIdentificationKey{
...
private Set<Taxon> coveredTaxa = new HashSet<Taxon>();
...
private Set<Taxon> taxonomicScope = new HashSet<Taxon>();
...
private Set<NamedArea> geographicalScope = new HashSet<NamedArea>();
...
private Set<Scope> scopeRestrictions = new HashSet<Scope>();
}

8. Creation of PolytomousKey

public class PolytomousKey extends FeatureTree implements IIdentificationKey{
...
private Set<Taxon> coveredTaxa = new HashSet<Taxon>();
...
private Set<Taxon> taxonomicScope = new HashSet<Taxon>();

...
private Set<NamedArea> geographicalScope = new HashSet<NamedArea>();
...
private Set<Scope> scopeRestrictions = new HashSet<Scope>();
}

9. Addition of the attribute 'result', 'question' and 'taxon' to FeatureNode so that a FeatureTree can store the identification path in the case of a polytomous key.

private DescriptionElementBase result;
private Set<Representation> questions = new HashSet<Representation>();
private Taxon taxon;

NameParser improvement, name and reference has the same author

Corrected a couple of bugs

correcting minor problem with jaxb annotation

formatted parser documentation for better readability

taxonNameBase adapted for matching

minor

deleted group matcher

minor

updates for match strategy in persistence

updates for match strategy in model

Added free-text search methods to name & occurrence services & removed redundant method from UserService

Added free-text search methods to name & occurrence DAO's

Added annotations to support free-text searching of occurrences & related entities

added a working source feature, so sources can be omitted from binary releases