ref #7345: add markertype commonNameReference

javadoc

ref #7745 filter getSynonymy for subtree - fix bug in checkExistsSubtreeAndAccess

ref #7745 filter getSynonymy for subtree - fix compile issue in cdmlib print

ref #7745 filter getSynonymy for subtree

return error if passing not existing classification uuid to taxon search web service

cleanup

cleanup

fix #7767 fix wrong TagEnum for sec detail

Updating develop poms back to pre merge state

Merge branch 'master' into develop

updating develop poms to master versions to avoid merge conflicts

Merge branch 'release/5.3.0'

updating poms for branch'release/5.3.0' with non-snapshot versions

updating poms for 5.4.0-SNAPSHOT development

ref #7745  fix failing freetext search in facts freetext search

ref #7745  fix failing freetext search in facts freetext search

adding additional testcase for QueryFactory

ref #7745  fix failing freetext search in facts freetext search

fix #7764 revert incorrect tree parameter in search service and test for incorrect classification uuid

cleanup

ref #7764 fix failing synonym search with classification or subtree filter

allow nom status parsing without name (with ICNAFP as default)

ref #7761 add isInvalidDesignation to TaxonRelationshipType

ref #7761 add isInvalidDesignation to TaxonRelationshipType

make authenticationManager lazy to avoid circals during start up

fix #5868 restoring freetext search with leading wildcard and with empty query string, also fixes bug introduced while solving #4223

ref #7760 Show name authors for type designations

ref #7745 fix failing pathFrom if subtree is null

ref #7761: add isInvalidDeisgnation() method to taxon

ref #7745 upgrading springfox-swagger2 to circumvent bug related to @RequestMappings

cleanup

ref #7745 switch of required in getTaxonNodes

ref #7745 childNodesOf implemented

ref #7745 some exception handling for subtree filter

de-dublicating doGetTaxonNodes() controller methods

ref #7745 fixing workaround for override methods

ref #7745 workaround for duplicate TaxonPortalController getTaxonNodes Method

ref #7745 workaround for duplicate TaxonController get Method (for testing if this is the reason) for failing

ref #7745 workaround for duplicate TaxonController get Method (for testing if this is the reason) for failing

ref #7745 add subtree filter to missing methods (childNodesOf is still missing implementation)

cleanup

ref #7745 harmonizing subtree query parameters

ref #7759 additional TaxonNode webservice endpoint and solving logging problems

fix #7757 first freetext search test working for subtree filter

cleanup

fix #7757 removed all deprecated hibernate @Index (and @Table) annotations from model

ref #7745 implement treeindex search in freetext search (untested)

cleanup

rename AbstractRelationshipEdge.relationshipType to be more generic

ref #7745 add subtree parameter to freetext search methods

ref #7745 fix bug in queries with subtree, some first test and cleanup

ref #7745 fix syntax for node.treeindex in query

ref #7745 subtree filter to taxon search (add missing parameter for queries)

ref #7666 doGetTaxonRelationshipsDTO groupMisapplications paramter default = false

ref #7745 add subtree filter to taxon search (not yet tested for subtree != null)

fix #7756 allowig direction to be null again

ref #7745 add subtree filter also to ClassificationPortalListController

ref #7745 fix recursive call in deprecated method

ref #7745 implement subtree filter for ClassificationController.rankSpecificRootNotes and .childNodes

ref #7666 replace StringUtils dependency by correct one

ref #7666 allow formatting without name part (2. test)

cleanup

ref #7666 allow formatting without name part

avoid NPE when creating CollectionDto

ref #7666 fix team formatting (incorrect index of ambersand)

ref #6559: get and ordered list of MAN, proparte synonyms and invalid designations

ref #7420 add config parameter to getWorksheetname for Excel import

fixing ehcache.xml

ref #7742 disposable CdmCachers

typo

removing commented config line

Revert "ref #7729 removing unused ehcache.xml - all config is code based"

This reverts commit cf4ebe93a29635ab57e6ec066c32cdb344bbd297.

ref #7729 removing unused ehcache.xml - all config is code based

ref #7729 setting maxEntriesLocalHeap for the cdmDefaultCache and activating ehcache jmx management beans for the CdmTransientEntityCacher

adjusting loglevel of bean initializers

code cleaning

add TypeDesignationComparator

fix TypeDesignationSetManagerTest by sorting typeDesignations

ref #7644 fix getYear() in test

adapt OccurrenceController to changes in OccurrenceService

cleanup

minor

fix TypeDesignationSetManager, use values of map of typeDesignations instead of map in mapAndSort

ref #7644 handle continued in getYear()

ref #7599: further improvement for specimenDtos

fix bugs in abcd import

fix TypeDesignationSetManager

getTypeDesignations in TypeDesignationSetManager should return a collection

move createShortCitation to ReferenceCacheStrategy

ref #7700: fide and parenthesis are separated separators in taggedText

ref  #7700: use TypedesignationSetManager for creating TypeDesignationString for homotypic group in cdm light export

ref  #7700: use TypedesignationSetManager for creating TypeDesignationString for homotypic group in cdm light export

avoiding too extensive logging by commenting all hardcoded loglevels

ref #7600 implementing setAnnotations()

fix #7644 fix failing test in parser and add "continued" parsing to all relevant patterns

ref #7666 NARROW NO-BREAK in UTF8 class

ref #7644 some further fine tuning on setting CONTINUED/end date  in TimePeriod and some cleanup

ref #7644 implement "continued" in TimePeriod, still missing for most of the formats in parser

ref #7666 adding NARROW NO-BREAK after doubtful marker - adapting test