BGBM BDI Projects / cdmlib-apps.git / blobdiff
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Improve logging messages #5448
[cdmlib-apps.git] / app-import / src / main / java / eu / etaxonomy / cdm / io / redlist / gefaesspflanzen / RedListGefaesspflanzenImportClassification.java
diff --git a/app-import/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/io/redlist/gefaesspflanzen/RedListGefaesspflanzenImportClassification.java b/app-import/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/io/redlist/gefaesspflanzen/RedListGefaesspflanzenImportClassification.java
index c45cb43f92d77f88cb23684151094eee4635c9e9..ea8bdfe14cec91059995ed735aca6164fb1e7d0e 100644 (file)
--- a/app-import/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/io/redlist/gefaesspflanzen/RedListGefaesspflanzenImportClassification.java
+++ b/app-import/src/main/java/eu/etaxonomy/cdm/io/redlist/gefaesspflanzen/RedListGefaesspflanzenImportClassification.java
@@ -15,17 +15,18 @@ import java.util.HashMap;
 import java.util.HashSet;
 import java.util.Map;
 import java.util.Set;
+import java.util.UUID;
 
 import org.apache.log4j.Logger;
 import org.springframework.stereotype.Component;
 
 import eu.etaxonomy.cdm.common.CdmUtils;
+import eu.etaxonomy.cdm.hibernate.HibernateProxyHelper;
 import eu.etaxonomy.cdm.io.common.DbImportBase;
 import eu.etaxonomy.cdm.io.common.IPartitionedIO;
 import eu.etaxonomy.cdm.io.common.ResultSetPartitioner;
 import eu.etaxonomy.cdm.model.common.CdmBase;
 import eu.etaxonomy.cdm.model.common.Language;
-import eu.etaxonomy.cdm.model.common.LanguageString;
 import eu.etaxonomy.cdm.model.reference.Reference;
 import eu.etaxonomy.cdm.model.reference.ReferenceFactory;
 import eu.etaxonomy.cdm.model.taxon.Classification;
@@ -74,7 +75,16 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
 
     @Override
     protected void doInvoke(RedListGefaesspflanzenImportState state) {
-        makeClassification(state);
+        makeClassification("Gesamtliste", state.getConfig().getClassificationUuid(), "Gesamtliste_ref", RedListUtil.gesamtListeReferenceUuid, state);
+        makeClassification("Checkliste", RedListUtil.checkListClassificationUuid, "Checkliste_ref", RedListUtil.checkListReferenceUuid, state);
+        makeClassification("E", RedListUtil.uuidClassificationE, "E_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceE, state);
+        makeClassification("W", RedListUtil.uuidClassificationW, "W_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceW, state);
+        makeClassification("K", RedListUtil.uuidClassificationK, "K_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceK, state);
+        makeClassification("AW", RedListUtil.uuidClassificationAW, "AW_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceAW, state);
+        makeClassification("AO", RedListUtil.uuidClassificationAO, "AO_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceAO, state);
+        makeClassification("R", RedListUtil.uuidClassificationR, "R_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceR, state);
+        makeClassification("O", RedListUtil.uuidClassificationO, "O_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceO, state);
+        makeClassification("S", RedListUtil.uuidClassificationS, "S_ref", RedListUtil.uuidClassificationReferenceS, state);
         super.doInvoke(state);
     }
 
@@ -84,9 +94,19 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
         ResultSet rs = partitioner.getResultSet();
         Classification gesamtListeClassification = getClassificationService().load(state.getConfig().getClassificationUuid());
         Classification checklistClassification = getClassificationService().load(RedListUtil.checkListClassificationUuid);
+        Classification classificationE = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationE);
+        Classification classificationW = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationW);
+        Classification classificationK = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationK);
+        Classification classificationAW = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationAW);
+        Classification classificationAO = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationAO);
+        Classification classificationR = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationR);
+        Classification classificationO = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationO);
+        Classification classificationS = getClassificationService().load(RedListUtil.uuidClassificationS);
         try {
             while (rs.next()){
-                makeSingleTaxonNode(state, rs, gesamtListeClassification, checklistClassification);
+                makeSingleTaxonNode(state, rs, gesamtListeClassification, checklistClassification,
+                        classificationE, classificationW, classificationK, classificationAW
+                        , classificationAO, classificationR, classificationO, classificationS);
 
             }
         } catch (SQLException e) {
@@ -99,7 +119,11 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
         return true;
     }
 
-    private void makeSingleTaxonNode(RedListGefaesspflanzenImportState state, ResultSet rs, Classification gesamtListeClassification, Classification checklistClassification)
+    private void makeSingleTaxonNode(RedListGefaesspflanzenImportState state, ResultSet rs,
+            Classification gesamtListeClassification, Classification checklistClassification,
+            Classification classificationE, Classification classificationW, Classification classificationK,
+            Classification classificationAW, Classification classificationAO, Classification classificationR,
+            Classification classificationO, Classification classificationS)
             throws SQLException {
         long id = rs.getLong(RedListUtil.NAMNR);
         String parentId = String.valueOf(rs.getLong(RedListUtil.LOWER));
@@ -108,25 +132,52 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
 
         //Gesamtliste
         TaxonBase taxonBaseGL = state.getRelatedObject(RedListUtil.TAXON_GESAMTLISTE_NAMESPACE, String.valueOf(id), TaxonBase.class);
+        TaxonBase parentBaseGL = state.getRelatedObject(RedListUtil.TAXON_GESAMTLISTE_NAMESPACE, parentId, TaxonBase.class);
+        if(parentBaseGL!=null && !parentBaseGL.isInstanceOf(Taxon.class)){
+            RedListUtil.logMessage(id, parentBaseGL+" is no taxon but is a parent of "+taxonBaseGL+" (Gesamtliste)", logger);
+        }
         Taxon parentGL = (Taxon) state.getRelatedObject(RedListUtil.TAXON_GESAMTLISTE_NAMESPACE, parentId, TaxonBase.class);
         createParentChildNodes(gesamtListeClassification, id, gueltString, taxZusatzString, taxonBaseGL, parentGL);
 
         //Checkliste
         TaxonBase taxonBaseCL = state.getRelatedObject(RedListUtil.TAXON_CHECKLISTE_NAMESPACE, String.valueOf(id), TaxonBase.class);
+        TaxonBase parentBaseCL = state.getRelatedObject(RedListUtil.TAXON_CHECKLISTE_NAMESPACE, parentId, TaxonBase.class);
+        if(parentBaseCL!=null && !parentBaseCL.isInstanceOf(Taxon.class)){
+            RedListUtil.logMessage(id, parentBaseCL+" is no taxon but is a parent of "+taxonBaseCL+" (Checkliste)", logger);
+        }
         Taxon parentCL = (Taxon) state.getRelatedObject(RedListUtil.TAXON_CHECKLISTE_NAMESPACE, parentId, TaxonBase.class);
         if(taxonBaseCL!=null){//null check necessary because not all taxa exist in the checklist
             createParentChildNodes(checklistClassification, id, gueltString, taxZusatzString, taxonBaseCL, parentCL);
         }
+
+        if(taxonBaseGL!= null && taxonBaseCL!=null
+                && taxonBaseGL.getUuid().equals(taxonBaseCL.getUuid())){
+            RedListUtil.logMessage(id, "Same UUID for "+taxonBaseGL+ " (Gesamtliste) and "+taxonBaseCL+" (Checkliste)", logger);
+        }
+        if(parentGL!=null && parentCL!=null && parentGL.getUuid().equals(parentCL.getUuid())){
+            RedListUtil.logMessage(id, "Same UUID for "+parentGL+ " (Gesamtliste) and "+parentCL+" (Checkliste)", logger);
+        }
+
+        //add taxa for concept relationships to E, W, K, AW, AO, R, O, S
+        addTaxonToClassification(classificationE, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_E, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationW, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_W, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationK, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_K, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationAW, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_AW, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationAO, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_AO, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationR, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_R, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationO, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_O, id, state);
+        addTaxonToClassification(classificationS, RedListUtil.CLASSIFICATION_NAMESPACE_S, id, state);
+    }
+
+    private void addTaxonToClassification(Classification classification, String classificationNamespace, long id, RedListGefaesspflanzenImportState state){
+        Taxon taxon = HibernateProxyHelper.deproxy(state.getRelatedObject(classificationNamespace, String.valueOf(id), TaxonBase.class), Taxon.class);
+        classification.addChildTaxon(taxon, null, null);
     }
 
     private void createParentChildNodes(Classification classification, long id, String gueltString,
             String taxZusatzString, TaxonBase taxonBase, Taxon parent) {
-        if(parent==null){
-            RedListUtil.logMessage(id, "parent taxon of "+taxonBase+"  is null." , logger);
-            return;
-        }
         if(taxonBase==null){
-            RedListUtil.logMessage(id, "child taxon/synonym of "+parent+"  is null." , logger);
+            RedListUtil.logMessage(id, "child taxon/synonym of "+parent+"  is null. ("+classification.generateTitle()+")" , logger);
             return;
         }
         //taxon
@@ -134,6 +185,10 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
             //misapplied name
             String appendedPhrase = taxonBase.getAppendedPhrase();
             if(appendedPhrase!=null && appendedPhrase.equals(RedListUtil.AUCT)){
+                if(parent==null){
+                    RedListUtil.logMessage(id, "parent taxon of misapplied name "+taxonBase+"  is null. ("+classification.getTitleCache()+")" , logger);
+                    return;
+                }
                 parent.addMisappliedName((Taxon) taxonBase, null, null);
             }
             else{
@@ -148,6 +203,10 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
         }
         //synonym
         else if(taxonBase.isInstanceOf(Synonym.class)){
+            if(parent==null){
+                RedListUtil.logMessage(id, "parent taxon of synonym "+taxonBase+"  is null. ("+classification.getTitleCache()+")" , logger);
+                return;
+            }
             //basionym
             if(gueltString.equals(RedListUtil.GUELT_BASIONYM)){
                 parent.addHomotypicSynonym((Synonym) taxonBase, null, null);
@@ -182,6 +241,7 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
         }
         //set sec reference
         taxonBase.setSec(classification.getReference());
+        taxonBase.setTitleCache(null, false);//refresh title cache
     }
 
     @Override
@@ -205,24 +265,14 @@ public class RedListGefaesspflanzenImportClassification extends DbImportBase<Red
         return result;
     }
 
-    private void makeClassification(RedListGefaesspflanzenImportState state) {
-        //Gesamtliste
-        Classification classification = Classification.NewInstance(state.getConfig().getClassificationName());
-        classification.setName(LanguageString.NewInstance("Gesamtliste", Language.DEFAULT()));
-        classification.setUuid(state.getConfig().getClassificationUuid());
+    private void makeClassification(String classificationName, UUID classificationUuid, String referenceName, UUID referenceUuid, RedListGefaesspflanzenImportState state) {
+        Classification classification = Classification.NewInstance(classificationName, Language.DEFAULT());
+        classification.setUuid(classificationUuid);
         Reference gesamtListeReference = ReferenceFactory.newGeneric();
-        gesamtListeReference.setUuid(RedListUtil.gesamtListeReferenceUuid);
-        gesamtListeReference.setTitle("Gesamtliste");
+        gesamtListeReference.setTitle(referenceName);
+        gesamtListeReference.setUuid(referenceUuid);
         classification.setReference(gesamtListeReference);
         getClassificationService().save(classification);
-        //checkliste
-        Classification checklistClassification = Classification.NewInstance("Checkliste");
-        checklistClassification.setUuid(RedListUtil.checkListClassificationUuid);
-        Reference checklistReference = ReferenceFactory.newGeneric();
-        checklistReference.setUuid(RedListUtil.checkListClassificationUuid);
-        checklistReference.setTitle("Gesamtliste");
-        checklistClassification.setReference(checklistReference);
-        getClassificationService().save(checklistClassification);
     }
 
     @Override