resolving conficts

...

Merge branch 'master' of edit-com:/var/git/biovel

more on ottos mops

jandl

something to pick

renaming a file

new banch to try out more git features

testing git -> svn forsubgit

anotherfile

testing permissions

testing root permissions

i did it again

it was me

testing subgit

- Changed merge strings to flattening to first element to avoid loading data into memory.
- Added annotation

added Mac OSX fix for http post data newline when uploading data to GRefine.

added Mac OSX fix for http post data newline when uploading data to GRefine.

added latest version of synexpansion nested workflow

corrected name expansion info header from appearing in occurrence results

added corrected no-limit version of the gbif occurrence retrieval nested workflow

workflows to retrieve occurrences from GBIF Occurrence bank.
allows to retrive all occurrences with no limit

synexp_xml_to_csv.xsl: sperated nameLabel elements into brackets
synonymcheckmsg.xsd: now includes nameLabel and nameCanonical in request
colres_to_synres.xsl: updated to extract name with authorship

text file containg header line for name expansion result csv

xsl file which contains utility templates

converts the response from the synonym expansion part of the workflow to a name related output information.

added possibility for multiple accepted names in GBIF Syn. Expansionx

- added transformation to build csv data related to names after the name expansion step
- added possibility to save name information

added latest version of BioSTIF nested workflow (using httpx)

updated col web service url.

added seor workflow with updated col web service url

integrated new version of syn expansion / occurrence retrieval part of the workflow

- fallen back to synonym taxon id search for canonical name targetting the gbif checklist bank
- added source url for gbif checklist responses
- added workaround for CoL synonym source url

added checklist url attribute to synonymResponse tag

added checklist url attribute to synonymResponse tag

- Updated GBIF Name Search to use canonnical search
- Added checklist url to tabs in Synonym Expansion Input Dialog
- Allow Synonym Expansion Input Dialog to be expandable

- fixed bugs for targetting gbif checklist banks

- Added GBIF Data agreement for checklist banks
- Corrected merging of data from multiple checklists

java code for the Data Cleaning workflow.
contains all gui elements which are called from beanshells in the workflow.

- corrected CoL copyright logic
- added first version of GBIF Checklist Banks

changed output to string instead of list of strings

Added copyright, data use agreement for CoL, GBIF.
Integrated all three parts of the workflow together

Workflow which handles the Synonym Expansion and Occurrence Retrieval part of the Data Refinement Workflow

corrected dataProviderName to SLW:recordedBy field

schema which defines the internal synonym request / response pair.

xslt to transform internal synonym request to a CoL request

xslt for transforming CoL Response to internal synonym response format

xslt for transforming SLW ArtData Portal response to Data Refinement Workflow input Elements

header file for data refining csv input

Integration of all three parts of the workflow (BioSTIFF is not yet added) .

Test input for main Data Cleaning Workflow.
Part of the potentially invasive species for the MS6 (May 2012) Workshop.

Main Workflow for the Data Cleaning Project.
Contains all three subparts,
- Synonym Expansion / Occurrence Retrieval
- BioSTIFF (currently passthrough)
- GRefine

updated format options

nested workflow which integrates google refine in Taverna

-changed xsl to wrap quotes around fields 'only' when a comma is present
-changed occurrence id path to taxon occurrence id

XSLT for GBIFResponse to CSV format.
To be used to generate input test cases for the Taxonomy Data Cleaning Workflow (based on https://wiki.biovel.eu/display/BioVeL/Data+Cleaning+Workflow+Elements ). Also used in the Data Cleaning workflow to convert GBIF response to csv format.

Includes handling of commas within strings (by wrapping strings in double quotes) and escaping double quotes with double quotes.

created sub  directroty structure for project

testing updates

Readme file for project

Adding BioVeL repo